D. Wetlaufer, Proc. Natl. Acad. Sci, vol.70, pp.697-701, 1973.

S. Veretnik, P. E. Bourne, N. A. Alexandrov, and I. N. Shindyalov, J. Mol. Biol, vol.339, pp.647-678, 2004.

K. Alden, S. Veretnik, and P. E. Bourne, BMC Bioinformatics, p.310, 2010.

A. G. Murzin, S. E. Brenner, T. Hubbard, and C. Chothia, J. Mol. Biol, vol.247, pp.536-540, 1995.

L. H. Greene, T. E. Lewis, S. Addou, A. Cuff, T. Dallman et al., Nucleic Acid Res, vol.35, pp.291-297, 2007.

I. Majumdar, L. N. Kinch, and N. V. Grishin, PLoS ONE, vol.4, p.5084, 2009.

S. J. Wodak and J. Janin, Biochemistry, vol.20, pp.6544-6552, 1981.

Y. Xu, D. Xu, and H. N. Gabow, Bioinformatics, vol.16, pp.1091-1104, 2000.

J. Guo, D. Xu, D. Kim, and Y. Xu, Nucleic Acid Res, vol.31, pp.944-952, 2003.

N. Alexandrov and I. Shindyalov, Bioinformatics, vol.19, pp.429-430, 2003.

H. Zhou, B. Xue, and Y. Zhou, Protein Sci, vol.16, pp.947-955, 2007.

L. Holm and C. Sander, Proteins, vol.19, pp.256-268, 1994.

A. S. Siddiqui and G. J. Barton, Protein Sci, vol.4, pp.872-884, 1995.

O. Carugo, J. Appl. Cryst, vol.40, pp.778-781, 2007.

W. R. Taylor, Protein Eng, vol.12, pp.203-216, 1999.

L. Holm and C. Sander, Proteins, vol.33, pp.88-96, 1998.

V. Shomaker and K. N. Trueblood, Acta Cryst. B, vol.24, pp.63-76, 1968.

S. Hayward, A. Kitao, and H. J. Berendsen, Proteins, vol.27, pp.425-437, 1997.

S. Hayward and H. J. Berendsen, Proteins, vol.30, pp.144-154, 1998.

K. Hinsen, Proteins, vol.33, pp.417-429, 1998.

K. Hinsen, A. Thomas, and M. J. Field, Proteins, vol.34, pp.369-382, 1999.

S. O. Yesylevskyy, V. N. Kharkyanen, and A. P. Demchenko, Biophys. Chem, vol.119, pp.84-93, 2006.

R. Potestio, F. Pontiggia, and C. Micheletti, Biophys. J, vol.96, pp.4993-5002, 2009.

I. N. Berezovsky, . Prot, and . Eng, , vol.16, pp.161-167, 2003.

G. Koczyk and I. N. Berezovsky, Nucleic Acid Res, vol.36, pp.239-245, 2008.

G. Tiana, F. Simona, G. M. De-mori, R. A. Broglia, and G. Colombo, Protein Sci, vol.13, pp.113-124, 2004.

L. Ragona, G. Colombo, M. Catalano, and H. Molinari, Proteins, vol.61, pp.366-376, 2005.

S. Colacino, G. Tiana, and G. Colombo, BMC Struct. Biol, vol.6, p.17, 2006.

G. Morra and G. Colombo, Proteins, vol.72, pp.660-672, 2008.

A. Genoni, G. Morra, K. M. Merz, G. Colombo, and . Biochemistry, , vol.49, pp.4283-4295, 2010.

T. A. Holland, S. Veretnik, I. N. Shindyalov, and P. E. Bourne, J. Mol. Biol, vol.361, pp.562-590, 2006.

A. Amadei, A. B. Linnsen, and H. J. Berendsen, Proteins, vol.17, pp.412-425, 1993.

D. M. Van-alten, A. Amadei, A. B. Linnsen, V. G. Eijsink, G. Vriend et al., Proteins, vol.22, pp.45-54, 1995.

. Maestro, , 2007.

A. Sali and T. L. Blundell, J. Mol. Biol, vol.234, pp.779-815, 1993.

N. Eswar, B. Webb, M. A. Marti-renom, M. S. Madhusudham, D. Eramian et al., Curr. Protoc. Bioinformatics, vol.5, 2006.

. Macromodel, Version 9.5; Schrödinger LLC, 2007.

D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatman, and . Iii,

C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz et al.,

, Version 9, 2009.

N. Tuncbag, A. Gursoy, E. Guney, R. Nussinov, and O. Keskin, J. Mol. Biol, vol.381, pp.785-802, 2008.

D. E. Shaw, P. Maragakis, K. Lindorff-larsen, S. Piana, R. O. Dror et al., Science, vol.330, pp.341-346, 2010.

Y. B. Shan, E. T. Kim, M. P. Eastwood, R. O. Dror, M. A. Seeliger et al., J. Am. Chem. Soc, vol.133, pp.9181-9183, 2011.

R. O. Dror, A. C. Pan, D. H. Arlow, D. W. Borhami, P. Maragakis et al., Proc. Natl. Acad. Sci, vol.108, pp.13118-13123, 2011.

, A) 1pspa: benchmark assignment (1-98; 99-105 (blue) // 59-98 (red)), symbolized essential folding matrix, new strategy assignment (1-105 (blue)). (B) 1a8y: benchmark assignment (1-124 (blue) // 125-226 (red) // 227-345 (orange)), symbolized essential folding matrix, new strategy assignment (6-115 (blue) // 126-315 (red)). Note that our residues numeration is different from the one in the Bourne database