H. A. Carlson, K. M. Masukawa, and J. A. Mccammon, J. Phys. Chem. A, p.10213, 1999.

H. A. Carlson, K. M. Masukawa, K. Rubins, F. D. Bushman, W. L. Jorgensen et al., J. Med. Chem, p.2100, 2000.

H. A. Carlson, Curr. Opin. Chem. Biol, vol.6, p.447, 2002.

K. L. Meagher and H. A. Carlson, J. Am. Chem. Soc, vol.126, p.13276, 2004.

K. L. Damn and H. A. Carlson, J. Am. Chem. Soc, p.8225, 2007.

A. L. Bowman, Z. Nikolovska-coleska, H. Zhong, S. Wang, and H. A. Carlson, J. Am. Chem. Soc, p.12809, 2007.

M. G. Lerner, A. L. Bowman, and H. A. Carlson, J. Chem. Info. Model, p.2358, 2007.

P. Workman, Curr. Cancer Drug Targets, vol.3, p.297, 2003.

M. M. Ali, S. M. Roe, C. K. Vaughan, P. Meyer, B. Panaretou et al., Nature, vol.440, p.1013, 2006.

S. Frey, A. Leskovar, J. Reinstein, and K. Buchner, J. Biol. Chem, p.35612, 2007.

M. Mickler, M. Hessling, C. Ratzke, J. Buchner, and T. Hugel, Nat. Struct. Mol. Biol, vol.16, p.281, 2009.

J. Trepel, M. Mollapour, G. Giaccone, and L. Neckers, Nat. Rev. Cancer, p.537, 2010.

C. A. Lipinski, F. Lombardo, B. W. Dominy, and P. J. Feeney, Adv. Drug Deliv. Rev, vol.46, p.3, 2001.

G. Morra, M. A. Neves, C. J. Plescia, S. Tsustsumi, L. Neckers et al., J. Chem. Theory Comput, 2010.

D. Van-der-spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark et al., J. Comput. Chem, p.1701, 2005.

W. R. Scott, P. H. Hunenberger, I. G. Tironi, A. E. Mark, S. R. Billeter et al.,

T. Torda, P. Huber, W. F. Kruger, and . Van-gunsteren, J. Phys. Chem. A, p.3596, 1999.

H. J. Berendsen, J. R. Grigera, and P. R. Straatsma, J. Phys. Chem, p.6269, 1987.

T. Darden, D. York, and L. Pedersen, J. Chem. Phys, p.10089, 1993.

U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee et al., J. Chem. Phys, p.8577, 1995.

B. Hess, H. Bekker, H. J. Berendsen, and J. G. Fraaije, J. Comput. Chem, vol.18, p.1463, 1997.

S. Miyamoto and P. A. Kollman, J. Comput. Chem, p.952, 1992.

H. J. Berendsen, J. P. Postma, W. F. Van-gunsteren, A. Di-nola, and J. R. Haak, J. Chem. Phys, p.3684, 1984.

F. Pontiggia, A. Zen, and C. Micheletti, Biophys. J, vol.95, p.5901, 2008.

L. Kaufman and P. J. Rousseuw, Finding Groups in Data: An Introduction to Cluster Analysis, 2005.

, Discovery Studio, vol.2, issue.5, 2009.

, ChemAxon, 2006.

P. Skehan, R. Storeng, D. Scudiero, A. Monks, J. Mcmahon et al., J. Natl. Cancer Inst, vol.82, p.1107, 1990.

G. M. Morris, R. Huey, W. Lindstrom, M. F. Sanner, R. K. Belew et al., J. Comput. Chem, 2009.

C. E. Stebbins, A. A. Russo, C. Schneider, N. Rosen, F. U. Hartl et al., Cell, vol.89, p.239, 1997.

S. M. Roe, C. Prodromou, R. O'brien, J. E. Ladbury, P. W. Piper et al., J. Med. Chem, p.260, 1999.

R. M. Immormino, Y. Kang, G. Chiosis, and D. T. Gewirth, J. Med. Chem, p.4953, 2006.

T. E. Barta, J. M. Veal, J. W. Rice, J. M. Partridge, R. P. Fadden et al.,

G. J. Geng, K. H. Hanson, A. F. Huang, B. E. Barabasz, J. Foley et al., Bioorg. Med. Chem. Lett, vol.18, p.3517, 2008.

A. K. Ghose, V. N. Viswanadhan, and J. J. Wendoloski, J. Comb. Chem, 1999.

M. Taipale, D. F. Jarosz, and S. Lindquist, Nat. Rev. Mol. Cell. Biol, p.515, 2010.

P. Fortugno, E. Beltrami, J. Plescia, J. Fontana, D. Pradhan et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, vol.100, p.13791, 2003.

M. Meli, M. Pennati, M. Curto, M. G. Daidone, J. Plescia et al., J. Med. Chem, p.7721, 2006.

A. Kamal, L. Thao, J. Sensintaffar, L. Zhang, M. F. Boehm et al., Nature, vol.425, p.407, 2003.

D. E. Shaw, P. Maragakis, K. Lindorff-larsen, S. Piana, R. O. Dror et al., Science, p.341, 2010.

Y. B. Shan, E. T. Kim, M. P. Eastwood, R. O. Dror, M. A. Seeliger et al., J. Am. Chem. Soc, p.9181, 2011.

R. O. Dror, A. C. Pan, D. H. Arlow, D. W. Borhami, P. Maragakis et al., Proc. Natl. Acad. Sci, vol.108, 2011.