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Master Thesis Year : 2018

Circulating tumor DNA : literature review and setting and evaluating a genome data analysis

Les ADN tumoraux circulant : rappel bibliographique et mise en place d'un pipeline d'analyses bioinformatique

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Abstract

De nombreux biomarqueurs ont été mis au point afin de suivre efficacement les patients atteints de cancer. Parmis ceux-ci, l'ADN tumoral circulant (ADNtc) est un des plus prometteurs. Composé de diverses altérations somatiques provenant des cellules tumorales, l'ADNtc se retrouve dans divers fluides biologiques comme le sang, ce qui permet d'effectuer une « biopsie liquide », de manière non invasive. L'ADNtc a été évalué comme biomarqueur diagnostique, prognostique, du risque de récurrence mais aussi en théranostic comme potentiellement remplaçant la biopsie des lésions. Si les premières détections d'altérations ont été faites dans le milieu des années 1990, des progrès techniques ont été nécessaires afin de détecter l'ADNtc, celui-ci se trouvant en très faible quantité dans les liquides biologiques. Des méthodes en point unique, comme le BEAMing ou la réaction en chaîne par polymérase digitale ont été dévéloppés en parallèle des approches qui s'appuient sur le séquençage haut débit. Ces dernières nécessitent un traitement bioinformatique des données, afin d'extraire les altérations d'intérêt. Dans ce travail, un pipeline d'analyses a été mis au point et évalué. Ce pipeline permet de détecter des variants d'une seule base aux structuraux. L'évaluation de ce pipeline a été faite à partir de dilutions de lignée cellulaire HCC-78, ce qui a permis de déterminer la sensibilité à 1 variant somatique pour 500 sauvages. Les variants structuraux, comme les gènes de fusion, ont aussi été mis en évidence. Néanmoins, la spécificité de ce pipeline reste faible, à cause d'un bruit de fond important. Il s'avère nécessaire d'évaluer ce dernier à partir d'échantillons sains afin d'augmenter la sensibilité et la spécificité des analyses.
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BUPHA_T_2018_FILHINE_TRESARRIEU_PIERRE.pdf (3.58 Mo) Télécharger le fichier
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Dates and versions

hal-03297540 , version 1 (23-07-2021)

Identifiers

  • HAL Id : hal-03297540 , version 1

Cite

Pierre Filhine-Trésarrieu. Les ADN tumoraux circulant : rappel bibliographique et mise en place d'un pipeline d'analyses bioinformatique. Sciences pharmaceutiques. 2018. ⟨hal-03297540⟩
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