Analyse bioinformatique du transcriptome des champignons mycorhiziens Tuber melanosporum et Glomus intraradices - Université de Lorraine Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2011

Bioinformatic analysis of the transcriptome of mycorrhizal fungi Tuber melanosporum and Glomus intraradices

Analyse bioinformatique du transcriptome des champignons mycorhiziens Tuber melanosporum et Glomus intraradices

Emilie Tisserant
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 770121
  • IdRef : 159351952

Résumé

Mycorrhizal symbiosis is a mutualistic interaction involving roots of terrestrial plants and soil fungi. Morphological changes associated with the development of this symbiosis are accompanied by changes in gene expression. The study of transcriptomic profiles is thus essential to characterize the molecular mechanisms that govern the mycorrhizal symbiosis. The recent development of high-throughput transcriptomic approaches provides new insights for the understanding of these mechanisms. The work undertaken during this thesis aimed to characterize in silico the transcriptome of the ectomycorrhizal fungus Tuber melanosporum and the endomycorrhizal fungus Glomus intraradices. In order to characterize transcripts expressed by the symbionts and to identify genes regulated during symbiosis, bioinformatic tools and protocols were implemented to process transcriptomic data derived from new sequencing technologies. This work has allowed to highlight common features in the expression profiles of mycorrhizal fungi. In addition, characterization of the G. intraradices transcriptome has allowed to establish the first genome-wide repertoire of genes for an endomycorrhizal fungus. The study helps to improve knowledge about the molecular processes underlying the mycorrhizal symbiosis and provides a unique resource for future research on the gene networks controlling symbiosis
La symbiose mycorhizienne est une interaction mutualiste formée entre les racines des plantes terrestres et des champignons du sol. Les changements morphoanatomiques associés au développement de cette symbiose sont accompagnés de modifications dans la régulation de l'expression génique. L'étude des profils transcriptomiques est donc fondamentale afin de caractériser les mécanismes moléculaires gouvernant la symbiose mycorhizienne. Le développement récent des approches de transcriptomique à haut débit offre de nouvelles perspectives pour la compréhension de ces mécanismes. Le travail entrepris dans le cadre de ce projet de thèse visait à caractériser in silico le transcriptome symbiotique du champignon ectomycorhizien Tuber melanosporum et du champignon endomycorhizien Glomus intraradices. Il s'agissait de mettre en place les outils et les protocoles bioinformatiques permettant l'exploitation des données transcriptomiques issues des nouvelles technologies de séquençage, afin de caractériser les transcrits exprimés par les symbiotes et d'identifier les gènes régulés au cours de la symbiose. Ce travail original a permis de souligner l'existence de traits communs aux profils d'expression des champignons mycorhiziens. De plus, la caractérisation du transcriptome de G. intraradices a permis d'établir le premier répertoire de gènes à l'échelle du génome pour un champignon endomycorhizien. Cette étude de génomique contribue à l'amélioration des connaissances sur les processus moléculaires qui sous-tendent la symbiose mycorhizienne et constitue une ressource unique pour de futures recherches sur les réseaux de gènes contrôlant la symbiose
Fichier principal
Vignette du fichier
SCD_T_2011_0105_TISSERANT.pdf (3.44 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

tel-01746255 , version 1 (29-03-2018)

Identifiants

  • HAL Id : tel-01746255 , version 1

Citer

Emilie Tisserant. Analyse bioinformatique du transcriptome des champignons mycorhiziens Tuber melanosporum et Glomus intraradices. Sylviculture, foresterie. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2011. Français. ⟨NNT : 2011NAN10105⟩. ⟨tel-01746255⟩
113 Consultations
630 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More