Nous étudions dans cette thèse des problèmes d'ordonnancement d'ateliers en présence de périodes d'indisponibilité des machines. Nous considérons le contexte d'indisponibilités dues à une activité de maintenance préventive, avec des tâches de maintenance soit fixes, soit flexibles. Les modèles étudiés sont ceux du flow shop et du job shop, avec des nombres quelconques de machines et d'indisponibilités sur chacune d'entre elles. Les opérations à ordonnancer sont strictement non-préemptives. Des algorithmes polynomiaux originaux sont développés pour des problèmes d'ordonnancement à deux travaux et nous nous servons de ces algorithmes généraux. Les méthodes approchées utilisent des méta-heuristiques et les méthodes exactes reposent sur des procédures par séparation et évaluation. Des résultats d'expériences menées sur des instances générées aléatoirement attestent de l'efficacité des algorithmes proposés.