Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. - Université de Lorraine
Article Dans Une Revue Molecular Ecology Resources Année : 2015

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion (1) , Jean-Marc Aury (2, 3) , Joëlle Amselem (4) , Tina Alaeitabar (4) , Valérie Barbe (5) , Caroline Belser (2, 3) , Hélène Bergès (6) , Catherine Bodénès (1) , Nathalie Boudet , Christophe Boury (1) , Aurélie Canaguier , Arnaud Couloux (2, 3) , Corinne da Silva (2, 3) , Sébastien Duplessis (7) , François Ehrenmann (1) , Barbara Estrada-Mairey (5) , Stéphanie Fouteau (5) , Nicolas Francillonne (4) , Christine Gaspin (8) , Cécile Guichard (9) , Christophe Klopp (8) , Karine Labadie (5) , Céline Lalanne (1) , Isabelle Le Clainche , Jean-Charles Leplé (10) , Grégoire Le Provost (1) , Thibault Leroy (1) , Isabelle Lesur (1) , Francis Martin (7) , Jonathan Mercier (2, 3) , Célia Michotey (4) , Florent Murat (11) , Franck Salin (1) , Delphine Steinbach (4) , Patricia Faivre-Rampant , Patrick Wincker (2) , Jérôme Salse (11) , Hadi Quesneville (4) , Antoine Kremer (1)
Christophe Plomion
Biodiversité, Gènes & Communautés
CV
Jean-Marc Aury
Génomique métabolique
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
CV
Joëlle Amselem
  • Fonction : Auteur
Unité de Recherche Génomique Info
Tina Alaeitabar
  • Fonction : Auteur
Unité de Recherche Génomique Info
Valérie Barbe
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Caroline Belser
Génomique métabolique
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
CV
Hélène Bergès
Centre National de Ressources Génomiques Végétales
Catherine Bodénès
  • Fonction : Auteur
Biodiversité, Gènes & Communautés
Nathalie Boudet
Christophe Boury
  • Fonction : Auteur
Biodiversité, Gènes & Communautés
Aurélie Canaguier
CV
Arnaud Couloux
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 908635
Génomique métabolique
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Corinne da Silva
Génomique métabolique
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Sébastien Duplessis
Interactions Arbres-Microorganismes
CV
François Ehrenmann
Biodiversité, Gènes & Communautés
CV
Barbara Estrada-Mairey
  • Fonction : Auteur
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Stéphanie Fouteau
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Nicolas Francillonne
Unité de Recherche Génomique Info
CV
Christine Gaspin
Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT)
Cécile Guichard
Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay
CV
Christophe Klopp
Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT)
CV
Karine Labadie
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Céline Lalanne
  • Fonction : Auteur
Biodiversité, Gènes & Communautés
Isabelle Le Clainche
Jean-Charles Leplé
Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières
CV
Grégoire Le Provost
Biodiversité, Gènes & Communautés
CV
Thibault Leroy
Biodiversité, Gènes & Communautés
CV
Isabelle Lesur
Biodiversité, Gènes & Communautés
Francis Martin
  • Fonction : Auteur
Interactions Arbres-Microorganismes
Jonathan Mercier
Génomique métabolique
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Célia Michotey
Unité de Recherche Génomique Info
CV
Florent Murat
Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
CV
Franck Salin
Biodiversité, Gènes & Communautés
Delphine Steinbach
Unité de Recherche Génomique Info
Patricia Faivre-Rampant
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1203095
Patrick Wincker
Génomique métabolique
CV
Jérôme Salse
Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
Hadi Quesneville
Unité de Recherche Génomique Info
CV
Antoine Kremer
Biodiversité, Gènes & Communautés

Résumé

The 1.5 Gbp/2C genome of pedunculate oak (Quercus robur) has been sequenced. A strategy was established for dealing with the challenges imposed by the sequencing of such a large, complex and highly heterozygous genome by a whole-genome shotgun (WGS) approach, without the use of costly and time-consuming methods, such as fosmid or BAC clone-based hierarchical sequencing methods. The sequencing strategy combined short and long reads. Over 49 million reads provided by Roche 454 GS-FLX technology were assembled into contigs and combined with shorter Illumina sequence reads from paired-end and mate-pair libraries of different insert sizes, to build scaffolds. Errors were corrected and gaps filled with Illumina paired-end reads and contaminants detected, resulting in a total of 17,910 scaffolds (>2 kb) corresponding to 1.34 Gb. Fifty per cent of the assembly was accounted for by 1468 scaffolds (N50 of 260 kb). Initial comparison with the phylogenetically related Prunus persica gene model indicated that genes for 84.6% of the proteins present in peach (mean protein coverage of 90.5%) were present in our assembly. The second and third steps in this project are genome annotation and the assignment of scaffolds to the oak genetic linkage map. In accordance with the Bermuda and Fort Lauderdale agreements and the more recent Toronto Statement, the oak genome data have been released into public sequence repositories in advance of publication. In this presubmission paper, the oak genome consortium describes its principal lines of work and future directions for analyses of the nature, function and evolution of the oak genome.

Domaines

Sciences du Vivant [q-bio]

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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-01579667

Soumis le : jeudi 31 août 2017-14:57:50

Dernière modification le : mercredi 11 septembre 2024-10:02:23

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Dates et versions

hal-01579667 , version 1 (31-08-2017)

Identifiants

Citer

Christophe Plomion, Jean-Marc Aury, Joëlle Amselem, Tina Alaeitabar, Valérie Barbe, et al.. Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.. Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩. ⟨hal-01579667⟩

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