Les activités de tri des déchets sont source d'expositions professionnelles aux bioaérosols et associées à plusieurs troubles de santé. De nouveaux outils analytiques, fondés sur des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS), fournissent des méthodes puissantes pour évaluer la composition microbienne des bioaérosols. Les objectifs de l'étude étaient (1) d'évaluer la faisabilité et la répétabilité des mesures de biodiversité basées sur la NGS et (2) d'étudier la biodiversité microbienne en utilisant des NGS dans les bioaérosols émis dans une usine de tri de déchets (UTD). Trois échantillons parallèles ont été prélevés en ambiance dans une cabine de tri à l'aide de cassettes fermées équipées de membranes en polycarbonate. La diversité bactérienne et fongique a été évaluée par séquençage des gènes d'ADNr 16S et 18S en utilisant des séquenceurs Illumina ou 454-pyrosequenceur. Au niveau du point d'échantillonnage, les bactéries aéroportées étaient dominées par les Proteobacteria, les Firmicutes et les Actinobacteria avec des genres dominants assignés à des Enterobacteriaceae non classifiés, Staphylococcus, Acinetobacter, Leuconostoc, Pseudomonas et Lactobacillus. Les champignons aéroportés étaient dominés par des Ascomycota avec des genres prédominants attribués à Penicillium, Aspergillus, Rhizopus, Wallemia et Hemicarpenteles. Les mesures de la biodiversité NGS ont révélé une biodiversité plus élevée par rapport aux données publiées, obtenue avec la méthode par culture suivie d'une identification de microorganismes. Ces résultats constituent les premières données concernant la biodiversité dans les bioaérosols des UTD et obtenus en utilisant le séquençage à haut débit.