SMARCA4 inactivation defines a group of undifferentiated thoracic malignancies transcriptionally related to BAF-deficient sarcomas
Francois Le Loarer
(1, 2, 3)
,
Sarah Watson
(4)
,
Gaëlle Pierron
(5)
,
Vincent Thomas de Montpreville
(6)
,
Stelly Ballet
(5)
,
Nelly Firmin
(7)
,
Aurelie A. Auguste
(8)
,
Daniel Pissaloux
(3)
,
Sandrine Boyault
(3)
,
Sandrine Paindavoine
(3)
,
Pierre Joseph Dechelotte
(9)
,
Benjamin Besse
(10, 11)
,
Jean Michel Vignaud
(12)
,
Marie Brevet
(2)
,
Elie Fadel
(11, 6)
,
Wilfrid Richer
(4, 13)
,
Isabelle Treilleux
(3)
,
Julien Masliah-Planchon
(4, 5)
,
Mojgan Devouassoux-Shisheboran
(14)
,
Gérard Zalcman
(15)
,
Yves Allory
(16, 17, 18)
,
Franck Bourdeaut
(5)
,
Françoise Thivolet-Béjui
(2)
,
Dominique Ranchere-Vince
(3)
,
Nicolas Girard
(2, 19)
,
Sylvie Lantuejoul
(20, 21)
,
Françoise Galateau-Sallé
(22, 23)
,
Jean Michel Coindre
(24)
,
Alexandra Leary
(8, 25)
,
Olivier Delattre
(4)
,
Jean Yves Blay
(1, 2)
,
Franck Tirode
(1, 4)
1
UNICANCER/CRCL -
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
2 UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1
3 Centre Léon Bérard [Lyon]
4 U830 - Unité de génétique et biologie des cancers
5 Institut Curie [Paris]
6 CCML - Centre Chirurgical Marie Lannelongue
7 IRCM - U1194 Inserm - UM - Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier
8 U981 - Biomarqueurs prédictifs et nouvelles stratégies moléculaires en thérapeutique anticancéreuse
9 CHU Clermont-Ferrand
10 Département de médecine oncologique [Gustave Roussy]
11 UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11
12 Service de Pathologie [CHRU Nancy]
13 SIRIC-ONCOLille - Site de Recherche Intégrée en Cancérologie
14 Service d'Anatomo-Pathologie [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL]
15 Service de pneumologie [CHU Caen]
16 UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12
17 BCR - Biomécanique cellulaire et respiratoire
18 Hôpital Henri Mondor
19 Service de pneumologie [Centre Hospitalier Lyon Sud - HCL]
20 CHUGA - Centre Hospitalier Universitaire [CHU Grenoble]
21 UJF - Université Joseph Fourier - Grenoble 1
22 ANTICIPE - Unité de recherche interdisciplinaire pour la prévention et le traitement des cancers
23 Département de Pathologie [CHU Caen]
24 Institut Bergonié [Bordeaux]
25 IGR - Institut Gustave Roussy
2 UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1
3 Centre Léon Bérard [Lyon]
4 U830 - Unité de génétique et biologie des cancers
5 Institut Curie [Paris]
6 CCML - Centre Chirurgical Marie Lannelongue
7 IRCM - U1194 Inserm - UM - Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier
8 U981 - Biomarqueurs prédictifs et nouvelles stratégies moléculaires en thérapeutique anticancéreuse
9 CHU Clermont-Ferrand
10 Département de médecine oncologique [Gustave Roussy]
11 UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11
12 Service de Pathologie [CHRU Nancy]
13 SIRIC-ONCOLille - Site de Recherche Intégrée en Cancérologie
14 Service d'Anatomo-Pathologie [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL]
15 Service de pneumologie [CHU Caen]
16 UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12
17 BCR - Biomécanique cellulaire et respiratoire
18 Hôpital Henri Mondor
19 Service de pneumologie [Centre Hospitalier Lyon Sud - HCL]
20 CHUGA - Centre Hospitalier Universitaire [CHU Grenoble]
21 UJF - Université Joseph Fourier - Grenoble 1
22 ANTICIPE - Unité de recherche interdisciplinaire pour la prévention et le traitement des cancers
23 Département de Pathologie [CHU Caen]
24 Institut Bergonié [Bordeaux]
25 IGR - Institut Gustave Roussy
Nelly Firmin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 785742
- ORCID : 0000-0001-5839-6261
- IdRef : 17657039X
Elie Fadel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 852957
Julien Masliah-Planchon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 975750
Yves Allory
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756948
- ORCID : 0000-0002-5526-077X
Nicolas Girard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 762119
- ORCID : 0000-0001-9909-2299
- IdRef : 087670631
Sylvie Lantuejoul
- Fonction : Auteur
- PersonId : 844842
Jean Yves Blay
- Fonction : Auteur
- PersonId : 935658
- IdHAL : jean-yves-blay
- ORCID : 0000-0001-7190-120X
- IdRef : 069035407
Franck Tirode
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1062896
- IdHAL : franck-tirode
- ORCID : 0000-0003-4731-7817
- IdRef : 161841147
Résumé
While investigating cohorts of unclassified sarcomas by RNA sequencing, we identified 19 cases with inactivation of SMARCA4, which encodes an ATPase subunit of BAF chromatin-remodeling complexes. Clinically, the cases were all strikingly similar, presenting as compressive mediastino-pulmonary masses in 30- to 35-year-old adults with a median survival time of 7 months. To help define the nosological relationships of these tumors, we compared their transcriptomic profiles with those of SMARCA4-mutated small-cell carcinomas of the ovary, hypercalcemic type (SCCOHTs), SMARCB1-inactivated malignant rhabdoid tumors (MRTs) and lung carcinomas (of which 10% display SMARCA4 mutations). Gene profiling analyses demonstrated that these tumors were distinct from lung carcinomas but related to MRTs and SCCOHTs. Transcriptome analyses, further validated by immunohistochemistry, highlighted strong expression of SOX2, a marker that supports the differential diagnosis of these tumors from SMARCA4-deficient lung carcinomas. The prospective recruitment of cases confirmed this new category of 'SMARCA4-deficient thoracic sarcomas' as readily recognizable in clinical practice, providing opportunities to tailor their therapeutic management.