La maladie de Crohn (MC) appartient au groupe des maladies inflammatoires chroniques del’intestin (MICI). Elle est caractérisée par une réponse inflammatoire excessive, évoluant parpoussées, et se manifestent cliniquement par des diarrhées chroniques, des douleursabdominales récurrentes, une importante perte de poids et des signes systémiques comme desmalaises ou de la fièvre.L’incidence et la prévalence de la MC sont en constante augmentation dans le monde. Sonétiologie reste inconnue, bien que des facteurs génétiques et environnementaux jouent un rôleimportant dans sa survenue et son évolution.L’objectif de ce travail est de faire le point sur la physiopathologie de la MC, en insistant surle rôle de la flore endogène bactérienne (microbiote) dans sa survenue.