L'étiologie bactérienne des parodontites a depuis longtemps été mise en évidence. Cependant, les nouvelles connaissances à propos de l'écosystème que représente la plaque dentaire ont permis de corréler la présence des bactéries du complexe rouge avec la pathologie. Les bactéries de ce complexe sont : T.denticola, P.gingivalis, et Tforsythensis.La présence de A.actinomycetemcomitans a également été reliée à la parodontite agressive. Les méthodes les plus appropriées pour détecter ces bactéries au sein de la plaque sont la culture et la PCR en temps réel, qui permet un comptage trèsprécis des bactéries. Malgré le manque de recul concernant les intérêts cliniques du diagnostic microbiologique, son utilité a déjà été démontrée dans certains cas. Lors d'un échec du traitement, de récidive de la pathologie, et chez les patients atteints de parodontite agressive, le diagnostic microbiologique permet d'identifier les bactéries à cibler, puis de s'assurer de leur diminution ouélimination. Il permet donc d'évaluer le besoin de soins et d'adapter les traitements, en particulier en ce qui concerne l'antibiothérapie adjonctive.