Re-annotation des gènes codant les récepteurs de l’immunité chez le peuplier et analyse de leur expression lors de l’interaction avec les champignons biotrophes laccaria bicolor et melampsora larici-populina - Université de Lorraine Accéder directement au contenu
Mémoire / Rapport De Stage Année : 2015

Re-annotation des gènes codant les récepteurs de l’immunité chez le peuplier et analyse de leur expression lors de l’interaction avec les champignons biotrophes laccaria bicolor et melampsora larici-populina

Résumé

Plant immune receptors play a key role in the detection of pathogens to trigger plant defense responses in order to contain disease development. Recently, a methodology named Resistance gene enrichment Sequencing was successfully applied to tomato and potato to identify and annotate the repertoire of NB-LRR genes as well as to obtain information about resistance-related polymorphism. Here, we demonstrate the potential of application of this method to the poplar genome through an in silico simulation. For this purpose, the complete set of poplar NB-LRR genes was re-evaluated on the latest poplar genome assembly, showing striking differences compared with data available in literature. Expression profiling of poplar immune receptor genes was also conducted in the context of interaction with two biotrophic fungi using available transcriptomic data. Expression patterns showed a biphasic response in poplar during infection by the fungus responsible for the poplar rust disease. Some genes were also expressed during formation of the ectomycorrhizal symbiosis, suggesting common regulation pathways in the two types of interaction, which now needs to be confirmed.
Les récepteurs de l'immunité des plantes jouent un rôle clé dans la reconnaissance des microorganismes et la mise en place de réactions de défense efficaces pour contrer l’invasion des bioagresseurs. Récemment, une méthode appelée Resistance gene enrichment Sequencing a permis l’identification, l’annotation ainsi que l’analyse du polymorphisme associé à la résistance de gènes codant des récepteurs NB-LRR chez des plantes d’intérêt agronomique. Au cours du présent travail, le potentiel d’application de cette technique a pu être testé chez le peuplier par une simulation in silico. Pour ce faire, une réévaluation du catalogue des gènes NB-LRR a été nécessaire du fait de l’évolution de l’assemblage du génome de cet arbre. Nous montrons notamment que ce répertoire de gène a largement été modifié par rapport aux données disponibles dans la littérature. D’autre part, nous avons réalisé l’analyse de l’expression génique des récepteurs de l’immunité dans le cadre d’interactions avec deux champignons biotrophes sur la base de données transcriptomiques disponibles. Les profils obtenus indiquent une réponse bi-phasique chez le peuplier lors de son infection par l’agent pathogène de la rouille foliaire, certains gènes étant aussi exprimés lors de la mise en place de la symbiose ectomycorhizienne, suggérant des voies de régulation communes aux deux types d’interaction qu’il reste à valider.
Fichier non déposé

Dates et versions

hal-01770100 , version 1 (18-04-2018)

Identifiants

  • HAL Id : hal-01770100 , version 1

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Citer

Clémence Marchal. Re-annotation des gènes codant les récepteurs de l’immunité chez le peuplier et analyse de leur expression lors de l’interaction avec les champignons biotrophes laccaria bicolor et melampsora larici-populina. Sciences de l'environnement. 2015. ⟨hal-01770100⟩
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