Étude de la plasticité génomique chez Streptomyces ambofaciens : assemblage et analyse comparative du génome des souches ATCC23877 et DSM40697

Résumé : Les Streptomyces appartiennent à la communauté microbienne des sols et sont confrontées à des conditions biotiques et abiotiques changeantes. La génomique comparée des espèces a révélé une organisation génétique particulière, avec la région centrale du chromosome linéaire conservée contrastant avec des régions terminales très variables. L'objectif de ce travail est d'obtenir le génome complet de Streptomyces ambofaciens ATCC23877 et d'effectuer une comparaison intraspécifique avec celui de la souche DSM40697 afin d'évaluer le niveau de spécificité de lignées très fortement liées au niveau phylogénétique. Pour cela, les données de séquençage (pyroséquençage et terminaison réversible) collectées auprès de prestataires ont été évaluées en termes de qualité, et assemblées en un nombre de 'contigs' minimum. 1217 contigs ont été obtenus pour la souche ATCC 23877 regroupant 8,2 millions de nucléotides séquencés (avec un taux de couverture de 127 X pour chaque nucléotide du génome estimé). Le génome de la souche DSM40697 comprend 2849 'contigs', au minimum, pour 7,9 millions de nucléotides collectés (taux de couverture estimé à environ 15 X). La recherche de 'contigs' spécifiques de chacune des deux souches a été réalisée, et a permis d'identifier 546 kb (7%) et 273 kb (3%) respectivement spécifiques des souches ATCC23877 et DSM40607. Parmi les régions spécifiques de la souche ATCC23877, un locus de 89 kb code potentiellement des protéines homologues de bactériophages et de plasmides indiquant la présence de tout ou partie d'éléments génétiques mobiles dans cet îlot génomique.
Document type :
Master thesis
File URL :
http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCDSCI_M_2010_BRUTO_MAXIME.pdf
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Contributor : Memoires Ul <>
Submitted on : Monday, October 1, 2018 - 10:13:04 AM
Last modification on : Monday, October 1, 2018 - 12:06:12 PM
Long-term archiving on : Wednesday, January 2, 2019 - 12:59:54 PM

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Maxime Bruto. Étude de la plasticité génomique chez Streptomyces ambofaciens : assemblage et analyse comparative du génome des souches ATCC23877 et DSM40697. Biotechnologies. 2010. ⟨hal-01884508⟩

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