Prévalence et diversité des éléments intégratifs conjugatifs et mobilisables chez les streptocoques - Université de Lorraine Access content directly
Master Thesis Year : 2014

Prévalence et diversité des éléments intégratifs conjugatifs et mobilisables chez les streptocoques

Abstract

ICE (« integrative conjugative elements ») and IME (« integrative mobilizable elements »), poorly known elements, are able to transfer themselves by conjugation and are involved in horizontal gene transfer. Some methods are available to detect genetic elements but none is able to detect ICE and IME. This training was conduct in a collaborative project between the LORIA and the laboratory DynAMic to create a computerized and automated method for the detection of ICE and IME in bacterial genomes. The methodology is based on the detection of proteins called ‘etiquettes’ (integrase, relaxase, coupling protein, VirB4) specific of these elements and on the detection of repeat sequences located at their ends. During the study, the prevalence and the diversity of ICE and IME in 124 streptococci have been studied: 108 ICE and 139 IME have been identified and delimited
Les ICE (« integrative conjugative elements ») et les IME (« integrative mobilizable elements »), éléments mal connus, se transfèrent par conjugaison et participent ainsi au transfert horizontal de gènes. Des méthodes pour détecter des éléments génétiques mobiles existent mais aucune n’est capable d’identifier et de délimiter les ICE et les IME. Ce stage a été effectué dans le cadre d’un projet collaboratif entre le LORIA et le laboratoire DynAMic afin de créer une méthode informatisée et automatisée de détection des ICE et des IME dans les génomes bactériens. La méthode repose sur la détection conjointe de protéines dites « étiquettes » (intégrase, relaxase, protéine de couplage, VirB4) caractéristiques de ces éléments et sur la détection de séquences répétées situées à leurs limites. Au cours de ce stage, la prévalence et la diversité des ICE et IME présents dans 124 génomes de streptocoques a été étudiée: 108 ICE et 139 IME ont été identifiés et délimités
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Dates and versions

hal-01902532 , version 1 (23-10-2018)

Identifiers

  • HAL Id : hal-01902532 , version 1

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Cite

Charles Coluzzi. Prévalence et diversité des éléments intégratifs conjugatifs et mobilisables chez les streptocoques. Biotechnologies. 2014. ⟨hal-01902532⟩
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