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Master Thesis Year : 2014

Tracking the origin of fecal pollution using F-specific RNA phage genotyping

Génogroupage des bactériophages ARN F-spécifiques pour discriminer l'origine humaine ou animale d'une pollution fécale dans les eaux

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Abstract

F-specific RNA phages are used to estimate viral pollution due to their persistence in environmental waters. They may also be interesting for tracking the origin of fecal pollution by the distribution of 4 genogroups in water. Members of groups II and III are highly associated with human fecal contamination, while group I and IV have higher incidence in wastes associated with animals and livestock, but this distribution is not absolute. First, we have studied the distribution of phages in wastewater slaughterhouse (bovine pollution) and in wastewater treatment plant (human pollution). Phages of genogroup III are largely identified in both matrices, limiting their discriminating power. Then, in order to increase the specificity of these indicators, we have sequenced phages of different origins. It has appeared that within a genogroup, populations of genetically different viruses are hostspecific. Finally, a persistence study confirmed the longest stability of the genome of phages in wastewater relative to the infectivity; the more persistent genomes are those of the genogroups I and II phages.
Les bactériophages ARN F-spécifiques présentent un intérêt en tant qu'indicateurs de pollution virale du fait de leur résistance dans les eaux environnementales. La répartition des 4 génogroupes de bactériophages est également étudiée pour discriminer l'origine humaine ou animale de la pollution fécale des eaux. Il est admis que les phages des génogroupes I et IV signent une pollution d'origine animale, alors que ceux des génogroupes II et III sont d'origine humaine, mais cette répartition n'est pas absolue. Dans un premier temps, nous avons étudié la répartition de ces phages dans des eaux usées d'abattoir (pollution d'origine bovine) et des eaux usées de station d'épuration (pollution humaine). Dans ces deux matrices, les phages du génogroupe III sont largement majoritaires, limitant leur pouvoir discriminant. Pour augmenter la spécificité de ces indicateurs, nous avons dans un second temps séquencé des phages d'origine différente. Il apparait qu'au sein d'un même génogroupe, des populations de virus génétiquement différents sont spécifiques d'un hôte donné (bovins vs humains). Enfin, une étude de stabilité a permis de confirmer la persistance plus importante du génome par rapport au caractère infectieux des phages dans les eaux usées, les génomes les plus résistants étant ceux des phages du génogroupe I et II.
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Dates and versions

hal-02097513 , version 1 (12-04-2019)

Identifiers

  • HAL Id : hal-02097513 , version 1

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Cite

Cédric Hartard. Génogroupage des bactériophages ARN F-spécifiques pour discriminer l'origine humaine ou animale d'une pollution fécale dans les eaux. Microbiologie et Parasitologie. 2014. ⟨hal-02097513⟩
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