La dissémination de l’antibiorésistance représente un enjeu sociétal majeur. Cette dissémination est principalement liée à des phénomènes de transferts horizontaux de gènes (THG) de résistance aux antibiotiques à partir de réservoirs environnementaux mais également animaux, notamment au sein des microbiotes. Il est donc nécessaire de comprendre les mécanismes favorisant ces THG dans les écosystèmes complexes afin d’envisager des solutions de lutte à cette dissémination. L’objectif principal de cette étude est d’optimiser un modèle d’étude des THG in vivo préalablement développé au laboratoire dans un modèle murin. Ce modèle utilise deux approches de détection et quantification des souches donneuses du plasmide cible et des transconjugants, à savoir la qPCR et la cytométrie en flux (CMF). L’optimisation du modèle passe par la détermination de l’effet de la matrice (type d’échantillon, mode de conservation, charge bactérienne en donneuse) sur la quantification des cibles par qPCR. Elle passe également par la mise au point de l’approche de CMF sur des souches ayant différents marquages fluorescents. Une fois optimisé, ce modèle permettra de tester de nombreuses pistes d’étude des facteurs impactant les THG in vivo.