La dissémination de la contamination des eaux de surface par des micro-organismes pathogènes d’origine fécale est un problème de santé publique. Parmi eux, les Escherichia coli entérohémorragiques (STEC) caractérisés par la présence des gènes eae et stx codant respectivement pour l’intimine et des Shiga-toxines, sont généralement associés à de grandes épidémies alimentaires. Nombreuses sont les sources ponctuelles ou diffuses de contamination et de dissémination environnementale de cette pollution biologique fécale, tant dans les zones urbaines qu’agricoles. Et nul doute que le milieu hydrique, collecteur universel des contaminations, joue un rôle clé dans ces processus. Si l’occurrence des STEC dans des matrices alimentaires est bien documentée, il existe moins d’informations concernant la circulation des souches dans les milieux hydriques. L’occurrence des 5 sérotypes principaux de STEC a été suivie sur 2 ans dans 2 ressources en eaux: la Moselle, ressource pour la production d’eau potable, peu anthropisée et l’Orne au niveau d’un site urbanisé, anciennement industriel, par le biais de marqueurs génétiques spécifiques. Parallèlement, l’ARNr16S de Bacteroides d’origine humaine (HF183) et des ruminants (Rum2Bac) ainsi que des analyses microbiologiques conventionnelles (E.coli fécaux, entérocoques) et physicochimiques (pH, température, COT, pluviometrie) ont été réalisées. Les analyses en composantes principales révèlent une dynamique/occurrence différente selon les sites et impactées par les différents paramètres analysés. En zone rurale, la présence des STEC O26, O103, O145 et O157 viable corrèle positivement avec une augmentation génomique ciblant E. coli mais aussi les marqueurs de contamination fécale d’origine humaine. De façon intéressante, l’occurrence des STEC exprimant uniquement le gène stx1 évolue différemment de ceux exprimant stx2, et relève notamment de facteurs climatiques et du marqueur Rum2Bac. Alors qu’en zone urbaine, la présence des STEC O26, O103 et O111 viables apparait indépendante de tous facteurs physicochimiques et microbiologiques. Seuls les STEC O145 et O157 viables évoluent dans le même sens que les marqueurs microbiologiques, les marqueurs génétiques de contamination fécale et les données concernant le débit, la pluviométrie et la turbidité. En conclusion, la présence des différents sérogroupes est impactée différemment suivant le site considéré dépendant du type de pollution fécale et les facteurs environnementaux.