Aujourd’hui, la stratégie utilisée pour limiter l’accumulation et la croissance bactérienne dans les réseaux d’eau potable est un compromis entre une limitation du flux de matières organiques nutritives et l’application d’un oxydant dont on attend un effet sensible et constant sur les microorganismes. Même si l’usage d’un oxydant est un outil indispensable dans bien des cas, force est de constater que ce n’est pas suffisant pour limiter la croissance bactérienne du fait (i) d’une action limitée des désinfectants sur les bactéries du biofilm, et (ii) de sensibilités différentes de ces populations bactériennes très diversifiées des biofilms d’eau potable. Structure hétérogène et organisée, le biofilm constitue une mosaïque de micro-environnements, un lieu d’échange et une protection vis-à-vis des stress environnementaux, et notamment ceux générés par les produits désinfectants. Aussi, réussir une désinfection repose nécessairement sur la diffusion du biocide jusqu’aux populations bactériennes adhérées sur une surface et enrobées dans une matrice exopolymérique complexe et méconnues ; sur l’atteinte des structures cellulaires cibles et sur la capacité du biocide à créer des dommages cellulaires irréversibles, non réparables par les différents systèmes de défense de la cellule. Le chlore, employé avec succès depuis plusieurs décennies pour désinfecter l'eau peut limiter la croissance bactérienne en « blessant » des bactéries, limitant partiellement leur croissance. En même temps, une grande fraction de la population bactérienne échappe à la désinfection en raison de l'état d’agrégation des microorganismes qui limite la diffusion des oxydants, et en raison des stratégies de résistance au stress oxydant développées par beaucoup de micro-organismes. Le chlore n’interdit jamais la présence de bactéries dans la phase eau, ni surtout l’accumulation d’un biofilm à l’interface eau-paroi. Nos récents travaux montrent également que la composition phylogénétique du biofilm s’ajuste en fonction des conditions oxydantes appliquées. L’application du chlore dans un réseau semble favoriser des populations moins sensibles au chlore, en particulier les gamma-protéobactéries, population certes minoritaire dans l’eau et les biofilms de réseau d’eau potable, mais d’un intérêt notable puisque regroupant une majorité de bactéries pathogènes des milieux hydriques. Enfin, une désinfection impose nécessairement des procédures permettant d’atteindre les structures essentielles de la bactérie, tels que ses acides nucléiques, de manière à générer rapidement des dommages intra-cellulaires irréversibles, non réparables par ses différents systèmes de défense. Nombre de méthodes alternatives (ATP, Baclight, DVC, activités enzymatiques, …) pourraient être appliquées à l’évaluation de l’efficacité d’un biocide. Nos travaux montrent que les altérations des acides nucléiques bactériens provoquées par le chlore peuvent être révélées par des marquages par des fluorochromes (DAPI, PI, SyBr II). Pour conclure, la réponse/résistance bactérienne aux stress liée à l’utilisation de produits désinfectants est une réalité et sa prise en compte est une priorité pour l’évaluation correcte et réaliste de l’action des biocides. De notre point de vue, à l’heure actuelle, on ne sait pas mesurer l’efficacité vraie des procédures de nettoyage/désinfection dans des conditions et des pratiques de terrain et notamment partout où des biofilms sont présents. De nombreuses pistes méthodologiques, à des niveaux de développement divers, existent aujourd’hui pour apprécier ces réponses cellulaires et populationnelles, afin d’en déduire une efficacité plus raisonnée et une utilisation plus raisonnable des produits biocides.