Aujourd’hui considéré comme un organe à part entière, le microbiote intestinal (MI) joue un rôle décisif dans notre santé. Autrefois appelé « flore intestinale », le MI est composé de plus de 10 000 milliards de bactéries et autres microorganismes au sein du tractus digestif. Son équilibre et sa composition sont impactés tout au long de la vie par divers facteurs (âge, infections, hormones, alimentation, prise de médicaments…). Cet équilibre est essentiel aux nombreuses fonctions exercées par les bactéries commensales et sa perturbation, appelée dysbiose, est de plus en plus associée au développement ou à l’aggravation de certaines pathologies. Au cours des dernières années, le développement du séquençage à haut débit a facilité l’analyse de la diversité des écosystèmes microbiens (notamment par le séquençage de l’ADNr 16S bactérien) et a permis d’approfondir les connaissances sur la composition des microbiotes et leur rôle clé dans la santé de leur hôte. La majorité des études suggère l’implication d’une dysbiose intestinale dans le développement des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), de l’obésité et du cancer colorectal. Mais depuis quelques années, des articles rapportent le rôle crucial du MI dans diverses pathologies non digestives ou dans l’évolution des patients allogreffés de cellules souches hématopoïétiques (CSH). Le MI est en passe de devenir une nouvelle cible thérapeutique dans la prise en charge de ces différents troubles via des stratégies variées visant à restaurer son équilibre. L’allogreffe de CSH, malgré son risque élevé de mortalité, reste dans certaines situations le seul traitement curatif de certaines hémopathies. Cette stratégie d’immunothérapie cellulaire vise à détruire la moelle osseuse du patient et à réinjecter des CSH d’un donneur sain dans le but de reconstituer une moelle saine et de détruire les cellules tumorales résiduelles grâce aux lymphocytes T (LT) du donneur, c’est l’effet GVL (Graft versus Leukemia). Les principales complications de l’allogreffe de CSH sont les infections liées à l’immunodépression et la réaction du greffon contre l’hôte (GVHD, Graft versus Host Disease). Le MI semble jouer un rôle dans l’apparition de ces effets indésirables. L’amélioration des connaissances dans la physiopathologie de ces complications est essentielle pour une prise en charge optimale de ces patients à haut risque. L’objectif de cette thèse est de mettre en relation entre le MI et la reconstitution immunitaire chez les patients allogreffés à partir des nombreuses données de la littérature. Dans une première partie, les grands principes de l’allogreffe de CSH, de la reconstitution immunitaire et des principales complications après transplantation seront présentés. Dans un deuxième temps, nous définirons ce qu’est un MI sain, son installation et sa composition, puis nous discuterons de ses principales fonctions au sein du tractus digestif. Enfin, nous analyserons les différentes interactions entre le MI et le système immunitaire au cours du processus d’allogreffe, notamment dans le cadre de l’étude PARI-DYS qui se déroule actuellement au CHRU de Nancy.