Evolution of genes encoding for the U3 small nucleolar RNA from Saccharomycetoideae sub-family yeasts
Evolution des gènes codant pour le petit ARN nucléolaire U3 chez les levures de la sous-famille des Saccharomycetoideae
Résumé
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Nos travaux ont porté sur le petit ARN nucléolaire U3 (snoRNA), un des éléments essentiels à la maturation des ARN ribosomiques chez les eucaryotes. Au travers d'une étude des gènes de snoRNA U3 de différentes levures appartenant aux genres Saccharomyces, Pichia, Kluyveromyces et Hansenula, nous avons pu apporter des informations sur la structure secondaire du snoRNA U3 mature et de son précurseur, sur la relation structure/fonction du snoRNA U3 et sur l'évolution des gènes de snoRNA U3 chez les levures. Nous avons ainsi montré que la propriété particulière de la présence d'un intron épissé dans le spliceosome dans les gènes U3 de S. cerevisiae est partagée par les levures des 4 genres étudiés, avec néanmoins la coexistence de gènes avec et sans intron dans les genres Pichia et Kluyveromyces. Les pré-snoRNA U3 produits par les gènes contenant un intron se replient selon une structure secondaire présentant un grand nombre de caractéristiques communes, en particulier, au niveau des séquences essentielles à l'épissage et nous apportons la première démonstration phylogénétique de l'importance biologique de la présence d'une structure tige/boucle centrale rapprochant les sites fonctionnels des longs introns de levure. Nos résultats ont aussi permis d'affiner le modèle de structure secondaire du snoRNA U3 et de démontrer l'importance pour la fonction de cet ARN d'une complémentaire de 10 pb entre cet ARN et la région 5'ETS du pré-ARNR. Ce segment de 10 pb appartient au domaine 5' très conservé en séquence et structuré chez toutes les levures. Par contre, le domaine 3', cruciforme, est très variable en taille et en séquence. Nous avons montré que des snoRNA U3 issus d'espèces des genres Pichia et Kluyveromyces avec des domaines 3' très différents de ceux des ARN de S. cerevisiae sont néanmoins fonctionnels dans cette espèce.
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