De nombreuses molécules thérapeutiques présentent une dissymétrie qui conduit à l'existence de deux formes dites énantiomères. Ces énantiomères, qui ont des propriétés physicochimiques identiques dans un milieu isotrope, peuvent présenter des comportements pharmacologiques complètement différents. Il est donc devenu indispensable de disposer de techniques analytiques permettant leur séparation. Les cyclodextrines en tant que sélecteur chiral s'avèrent particulièrement intéressantes et sont très utilisées. Toutefois, malgré les modèles théoriques développés dans la littérature et les études, encore peu nombreuses, sur la reconnaissance chirale, les mécanismes de séparation des énantiomères par des sélecteurs chiraux de la famille des cyclodextrines ne sont pas encore bien compris. Afin d'aborder ce problème, une série de 11 molécules appartenant à la famille des acides arylalcanoïques a été utilisée, dont quatre étaient disponibles sous formes d'énantiomère R et S. Ce travail s'est attaché à l'obtention de données expérimentales par électrophorèse capillaire, à l'explication des séparations observées en terme d'inclusion et d'énantiosélectivité par la mise en oeuvre de méthodes d'analyse structurale (RMN) et de modélisation moléculaire et au transfert à un exemple d'analyse pharmaceutique.