Computer-aided study and design of antagonists of integrins of the beta 3 family
Étude et conception assistées par ordinateur d'antagonistes des intégrines de la famille beta 3
Abstract
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aLes intégrines sont des glycoprotéines hétérodimériques responsables de nombreux phénomènes d'adhésion entre cellules et entre cellules et matrice extracellulaire. Leur dysfonctionnement peut engendrer des maladies telles que l'ostéoporose, le développement et la dispersion des tumeurs cancéreuses ou encore les maladies cardio et cérébrovasculaires. En particulier, les intégrines alpha IIb beta 3 et alpha v beta 3 jouent un rôle crucial dans ces différentes maladies. L’inhibition de ces récepteurs apparait donc comme une cible thérapeutique privilégiée pour le développement de nouveaux traitements. La séquence de trois acides aminés Arg-Gly-Asp (RGD) correspond au site de liaison de plusieurs intégrines, et a servi de base à la conception de nombreux inhibiteurs de l'intégrine alpha IIb beta 3. Nous avons utilisé, au cours de nos travaux, les principes de la conception rationnelle de molécules assistée par ordinateur afin de déterminer les paramètres moléculaires nécessaires a l'inhibition sélective de alpha IIb beta 3 d'une part, et de alpha v beta 3 d'autre part. À partir des résultats obtenus, nous avons élaboré, sur une base osidique, des inhibiteurs potentiels de ces deux intégrines. Plusieurs d'entre eux ont été synthétisés, et montrent une certaine activité biologique. Dans le but de mieux appréhender le fonctionnement de ces récepteurs, nous nous sommes également tournés vers l'étude par modélisation moléculaire de deux protéines appartenant à la famille des desintégrines, capables d'inhiber les intégrines alpha IIb beta 3 et alpha v beta 3. La première de ces protéines, l'echistatine, presente la séquence RGD et se lie à la fois à alpha IIb beta 3 et alpha v beta 3. La seconde, la barbourine, possède la double particularité de ne pas contenir la séquence RGD et d'être sélective de l'intégrine alpha IIb beta 3. Les conformations de ces deux protéines, et en particulier de leur site de liaison, ont été étudiées en milieu aqueux.