Des profils d'expression de nombreux gènes ont été comparés dans le compartiment fongique directement au contact de la racine (au niveau des apex mycorhiziens) et le mycélium extramatriciel de l'association ectomycorhizienne entre Paxillus involutus et Betula pendula. Des gènes codant un transporteur d'urée surexprimé dans le mycélium extramatriciel, une phosphatidylserine decarboxylase et une protéine de fonction inconnue, surexprimées dans les mycorhizes ont été clonés et caractérisés. Pour comprendre quels mécanismes permettent l'ajustement du métabolisme azoté des champignons ectomycorhiziens à des conditions azotées variables du milieu, des études ont porté sur le transport de l'ammonium et de peptides, et sur les voies d'assimilation de l'ammonium. De plus, les facteurs responsables de la diversité interspécifique existant au sein des champignons ectomycorhiziens concernant l'assimilation de l'azote ont été déterminés, en couplant des approches biochimiques et moléculaires.