Cette thèse traite le problème d'ordonnancement d'ateliers soumis à des perturbations. Dans un tel environnement, il est plus réaliste de fournir au décideur non pas une solution unique satisfaisante mais plutôt un ensemble de solutions garantissant une certaine qualité et offrant des degrés de liberté pour l'adaptation aux éventuelles perturbations. Nous proposons pour cela une approche de pilotage à deux niveaux. Au premier niveau intervient un algorithme proactif qui calcule une ou plusieurs structures flexibles. Une structure flexible est un ensemble d'ordonnancements caractérisés par un type et un ordre partiel entre les opérations sur chaque machine. Au second niveau intervient un algorithme réactif qui exploite la flexibilité contenue dans la structure pour guider l'exécution des tâches et réagir en présence de perturbations . L'analyse dans le pire des cas de la performance d'une structure flexible nous a conduit à l'étude de nouveaux problèmes de maximisation de critères réguliers.