Différentes méthodes électrophorétiques ont été développées pour l'analyse de pesticides et de substances humiques. En électrophorèse capillaire de zone (CZE), des herbicides cationiques (s-triazines) et/ou anioniques (acides phénoxyacétiques) peuvent être séparés aisément avec une limite de détection de l'ordre de 10 g/l. La CZE est également efficace dans l'analyse du comportement électrophorétique de mélanges complexes de polyélectrolytes anioniques tels que les substances humiques. Un exemple d'application de la CZE est donné dans l'analyse des métabolites hydroxyles de l'atrazine lors de processus photochimiques en présence de substances humiques dissoutes. L’addition dans le tampon de séparation de différentes cyclodextrines substituées permet la séparation d'énantiomères de pesticides racémiques. L’utilisation de la CZE dans l'analyse d'échantillons réels est démontrée dans le suivi de la dégradation sélective d'un mélange racémique de dichlorprop, après son application aux champs. Les énantiomères de pesticides neutres (organophosphorés, DDT, DDD, DDE, acétamides, ester d'acides phénoxyacétiques) sont séparés en utilisant l'électrophorèse capillaire micellaire (MECC) avec addition de cyclodextrines. L’addition dans le tampon de séparation de substances organiques (ou inorganiques) à réactions spécifiques avec les échantillons permet d'orienter et d'optimiser les séparations ; le capillaire devient un réacteur. Cette propriété est utilisée dans la technique d'électrophorèse capillaire d'affinité (ACE) qui a été adaptée pour la mesure simultanée des états de liaison entre quatre s-triazines et des acides phénoliques (addition des ligands dans le tampon de séparation). L’adsorption des mêmes herbicides à des substances humiques est modélisée d'une manière similaire qu'en électrophorèse capillaire micellaire (MECC), démontrant de surcroit les propriétés micellaires des substances humiques ; une concentration micellaire critique peut être définie pour les substances humiques (micelles chargées). De cette manière les coefficients de partage de s-triazines entre la phase aqueuse et différentes phases humiques dissoutes peuvent être déterminés rapidement et simultanément