Hypervariabilité génétique chez streptomyces ambofaciens: Plasticité d'un arc génomique - Université de Lorraine Access content directly
Theses Year : 1990

Genetic hypervariability in streptomyces ambofaciens : plasticity of a genomic arc

Hypervariabilité génétique chez streptomyces ambofaciens: Plasticité d'un arc génomique

Pierre Leblond

Abstract

The wild-type (WT) strain Streptomyces ambofaciens DSM40697 exhibits a high degree of genetic instability. Pigment-defective colonies were spontaneously generated from the wild-type colonies at the frequency of 0.01. While only 13% of these pigment-defective colonies gave rise to homogeneous progeny exhibiting the mutant parental phenotype, 87 % of the mutant colonies gave rise to heterogeneous progeny without a preponderant phenotupe. This new aspect of genetic instability was called hypervariability. In contrast, auxotrophic mutants were obtained from the same WT strain at the frequency that are developmentally-regulated. The close association between genetic instability and giant deletions suggests the dominating part of deletions in the mecanism of genome plasticity and the possible involvement of aprimary mutational event triggering these deletions.
La souche sauvage de streptomyces ambofaciens DSM40697 présente une forte instabilité génétique produisant spontanément des colonies dépigmentées à la fréquence de 0,01. Alors que 13% des colonies dépigmentées ont une descendance de phénotype mutant, 87% présentent une descendance hétérogène sans phénotype majoritaire. Ce nouvel aspect de l'instabilité génétique a été appelé hyper variabilité. Des séquences d'ADN amplifiées ont été détectées dans 21% des colonies isolées à partir de descendances hypervariables, tandis qu'aucun cas d'amplification n'a été décelé ni dans les colonies dépigmentées stables ni dans les colonies sauvages. Donc, l'hyper variabilité et l'amplification sont associées. La taille des unités d'ADN amplifiable varie de 5,2 à 105 kb et le degré d'amplification est très variable suivant les souches. L'analyse de 48 ADS isolées indépendamment a permis de caractériser au moins deux loci amplifiables non chevauchants (AUD6 et AUD90) à l'origine de plus de 73% des cas d'amplification. Les autres AUD n'ont pu être regroupées. La structure du locus de l'AUD6 a été recherchée par analyse classique dans le génome sauvage: l'aud est présenté en copie unique et aucune longue répétition n'a pu être détectée aux extrémités. L'étude du locus de l'AUD6 dans les souches mutantes a permis de corréler l'instabilité génétique à la formation de délétions. En effet, 35% de souches mutantes non amplifiées isolées à partir de lignées stables et hypervariables contiennent des délétions partielles ou totales de l'AUD6. Le processus de délétion révèle une polarité. Ainsi, l'AUD6 constitue un locus sujet à de fréquents remaniements génomiques (amplifications et multiples délétions). De plus, des délétions successives pourraient être impliquées dans le processus de desamplification. L'analyse en électrophorèse en champs pulsés (pfge3) du génome sauvage à perm.

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Genetics
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Cite

Pierre Leblond. Hypervariabilité génétique chez streptomyces ambofaciens: Plasticité d'un arc génomique. Génétique. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 1990. Français. ⟨NNT : 1990NAN10132⟩. ⟨tel-01777322⟩
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