Les amyloïdes sont un groupe de peptides ou de protéines qui se replient en assemblages de fibrilles insolubles de structure β-croiséss très régulière et étroitement embriqués, ressemblant à une fermeture à glissière. Ils sont associés à de nombreuses maladies, telles que le diabète de type 2, ainsi qu'à un large éventail de maladies neurodégénératives. Cependant, en raison de leurs propriétés d'au-to-assemblage, de leurs caractéristiques physico-chimiques uniques, ainsi que de leurs caractéristiques mécaniques et optiques particulieres, les amyloïdes sont utilisés dans différents domaines des sciences des matériaux et sciences de la vie. Les amyloïdes sont très sensibles aux différentes conditions expérimentales dans lesquelles leur processus d'agrégation est accompli. De plus, les conditions expérimentales ont une grande influ-ence sur les caractéristiques et la classification des amyloïdes. Dans de nombreux cas, les données collectées à partir d'expériences utilisant différentes techniques et réalisées par différents groupes re-cherche n'incluent pas toutes les informations sur les spécificités relatives aux conditions expéri-mentales. Cela a un fort impact sur la capacité, par exemple des méthodes de bioinformatique, à pré-dire la propension de l’amyloïde à s’agréger. Cette thèse se concentre sur l'influence de certains facteurs internes et externes sélectionnés qui affectent le processus d'agrégation de peptides amyloïdogènes. Dans cette étude, nous avons par-ticulièrement considéré la longueur des sequences d'acides aminés, les'effets de mutations, l'influence du solvant, dont son type et la concentration saline, les interactions avec d'autres peptides, ainsi que la proximité et l'interaction avec une paroi cellulaire (environnement lipidique). Cette analyse a porté sur une sélection d’amyloïdes pathologiques et fonctionnels et sur leurs fragments les plus pertinents. Elle s'est appuyée sur des simulations numériques et résultats expérimentaux. Tout d'abord, nous avons établi un protocole de référence pour étudier les propriétés d'agréga-tion de peptides courts, nécessaire pour identifier les séquences d'acides aminés amyloïdogènes possi-bles. Pour ce faire, nous avons sélectionné des hexapeptides à l'aide d'AmyloGram, un outil de pré-diction bioinformatique bien établi. Ensuite, nous avons examiné si et dans quelle mesure les données d'entraînement peu annotées peuvent influencer l'exactitude des méthodes de bioinformatique. Enfin, nous avons étudié si les séquences plus longues peuvent être traitées de la même manière que les séquences courtes. Ensuite, nous avons examiné expérimentalement de longues séquences d'acides aminés (jusqu'à 23 acides aminés) de la protéine amyloïde fonctionnelle CsgA (composée de fragments R1-R5) afin de vérifier leur propension à former des amyloïdes. Nous avons étudié si de tels peptides sont plus sensibles que les amyloïdes pathologiques à une sélection de facteurs internes et externes. Les facteurs choisis sont les mutations ponctuelles, le solvant, le type d'ions et la concentration en ions. Pour ce faire, nous avons comparé les effets de ces paramètres sur les propriétés d'agrégation de sequences homologues de deux bactéries Escherichia coli et Salmonella enterica. Cette étude a inclus l'influence des mutations, qui a été validée par des études computationnelles et théoriques. Enfin, nous avons mené une étude sur des amyloïdes pathologiques (séquences jusqu'à 42 acides aminés), à savoir Aβ42 et hIAPP. Pour imiter les conditions physiologiques, des expériences et des simulations ont été réalisées en présence d'une membrane lipidique. Nous avons donc étudié l'in-fluence de la membrane lipidique et de l'interaction avec un autre peptide sur l'agrégation de ces am-yloïdes. Les résultats de la recherche montrent qu'il est important de collecter des données cohérentes à partir d'expériences, qui pourraient être perturbées par des conditions non identiques. De plus, diffé-rentes méthodes expérimentales peuvent fournir des résultats quelque peu différents pour les mêmes peptides. Cet effet est plus significatif dans le cas de certaines séquences. Nous avons découvert que la propension à s’agréger des courtes séquences hexapeptidiques se distingue de celle des séquences plus longues (jusqu’à 23 acides aminés) en fonctions de facteurs ex-ternes comme le solvant utilize. La flexibilité des séquences de six acides aminés leur permet d'adopter des conformations spécifiques. De plus, le phénomène de transition de brisure de symétrie joue un rôle crucial dans ce processus. De plus, nous avons montré que le choix du solvant influence le processus d'agrégation. L'uti-lisation d'oxyde de deuterium (D2O) peut modifier la classification, comme observé pour le fragment R2 de S. enterica. Des fibrilles ont été détectées en présence d'eau lourde mais pas en solution tampon phosphate. La conformation dominante du peptide en D2O a été attribuée à des agrégats intermolécu-laires, une signature typique des structures amyloïdes. Sur la base de ces résultats, la classification du fragment R2 comme amyloïde ou non-amyloïde dépend des conditions appliquées. Ensuite, nous avons montré que le fragment R4 de S. enterica (SR4) a une tendance plus forte à l'agrégation par rapport au fragment R4 d'E. coli (ER4). L'analyse théorique de la séquence a révélé que SR4 avait des valeurs d'hydrophobicité et de charge électrique plus élevées que ER4. Ces facteurs sont connus pour augmenter l'agrégation des protéines. De plus, SR4 présente des variations plus importantes dans les résidus dit « gate Keeper », qui jouent un rôle crucial dans la régulation de la formation amyloïde. Les résultats indiquent que des substitutions d'acides aminés spécifiques peu-vent affecter significativement la propension des protéines amyloïdes fonctionnelles à former des structures amyloïdes, avec des conséquences fonctionnelles potentielles. Nos investigations ont mis en évidence l'influence des ions tampons phosphate sur la morphol-ogie des peptides, en affectant les interactions électrostatiques locales impliquant les chaînes polypep-tidiques. Les simulations de dynamique moléculaire ont révélé que les interactions des acides aminés chargés positivement avec les groupes phosphate chargés négativement dans le tampon déterminent la morphologie des fibrilles. Une concentration d'ions non spécifiques peut se produire à proximité des parties protéiques portant des charges opposées à celles des ions. Ainsi, les structures dimères obser-vées dans la simulation ont peut-être contribué à la conformation en forme d'escargot du peptide M4. Dans la dernière section de ce travail, la stabilité de Aβ42 dans une membrane lipidique a été examinée à travers des simulations de dynamique moléculaire et l’utilisation d’un microscope à force atomique. Les résultats suggèrent que Aβ42 reste intégré dans la membrane lipidique, indiquant que l'agrégation du peptide peut se produire dans la membrane. Il a également été constaté que Aβ42 in-teragissant avec hIAPP présente une teneur en feuillet β plus élevée lorsqu'ils sont en proximité étro-ite, par rapport à l'analyse de Aβ42 seul. Les observations sous microscope à force atomique ont montré que les bicouches lipidiques supportées étaient plus affectées en présence de Aβ42 et hIAPP. Dans l'ensemble, l'étude met en lumière les défis découlant de la forte dépendance des résul-tats en fonction des conditions expérimentales des propriétés des amyloïdes. Dans l’ensemble, nous avons montré que les conditions expérimentales jouent un rôle prépondérant dans la détermination des propriétés des amyloïdes. Ne pas en tenir compte lors de l’utilisation d’outils de bioinformatique peut induire des erreurs dans les modèles et predictions. Toutefois, comme nous l’avons montré, les écarts mineurs ne sont pas préjudiciables. Les méthodes de bioinformatique sont assez robustes aux incompatibilités dans les données, mais leurs performances peuvent être perturbées si l'influence des conditions expérimentales et les différences apparemment insignifiantes dans les séquences de séquences homologues ne sont pas prises en considération. En conclusion, la planification du proces-sus de la recherche expérimentale, requiert de choisir les bonnes conditions en fonction de l'objet étudié. Sur la base de ce choix, nous pouvons moduler efficacement la tendance du peptide à s'agré-ger.