La pneumocystose (PCP), causée par Pneumocystis jirovecii (Pj), est une infection opportuniste responsable de pneumopathie interstitielle grave chez les sujets immunodéprimés. Depuis sa découverte au début des années 1900, les connaissances sur ce pathogène ne cessent d'évoluer. La recrudescence des cas de PCP lors de l'épidémie de VIH dans les années 80 en a un fait un point de santé publique important. De nombreux scientifiques se sont alors intéressés à Pj pour comprendre ce micro-organisme. L'agent de la pneumocystose garde cependant encore de nombreux secrets à découvrir.Dans un premier temps, le présent travail fait un état des lieux des connaissances actuelles sur Pneumocystis jirovecii.La seconde partie décrit l'étude épidémiologique rétrospective menée au CHU de Nancy sur une période de seize ans (de 1994 à 2010). L'analyse des données permet d'apprécier l'évolution des cas de PCP ainsi que de caractériser ces cas sur une période de cinquante-deux mois (de janvier 2007 à avril 2011).Les aspects épidémio-clinico-biologiques de la pneumocystose reportés dans les publications scientifiques sont ainsi vérifiés localement.Enfin, devant la nécessité de toujours améliorer le diagnostic biologique, il s'avérait indispensable de mettre en place au sein du laboratoire une technique de biologie moléculaire pour le dépistage de Pj dans les prélèvements respiratoires.La troisième partie de ce manuscrit propose ainsi deux études comparatives.La première, PCR « maison » versus techniques de microscopie, permet d'évaluer l'apport de la biologie moléculaire. La seconde, comparant la technique « maison » à des kits commerciaux, est réalisée en vue du choix de l'outil moléculaire à instaurer pour le diagnostic de PCP.