Évaluation de la méthode de séquençage du génome entier comme outil pour la surveillance des infections a yersinia enterocolitica au Luxembourg - Université de Lorraine Access content directly
Master Thesis Year : 2016

Évaluation de la méthode de séquençage du génome entier comme outil pour la surveillance des infections a yersinia enterocolitica au Luxembourg

Abstract

Yersinia enterocolitica is the third most commonly reported foodborne pathogen in Europe. In Luxembourg, an excess of human cases was observed during 2012, the reasons for which remain unknown. There is currently no internationally accepted discriminatory typing method of this species for surveillance or outbreak investigations. Here we describe the use of whole genome sequencing combined with an ad hoc core genome MLST (cgMLST) scheme for the assessment of the genomic diversity of the strains collected in Luxembourg over a 5 year period (2012-2016). In addition, strains from biotype 1A, considered as non-pathogenic, were also included in this study and screened for presence of chromosomally encoded virulence genes. Our findings suggest that there is a much higher genomic diversity within biotype 1A strains than within O:3 and O:9 strains, that some small human clusters of O:3 strains are likely to have a common source and that there were small outbreaks in 2012 and in 2014 in Luxembourg. Moreover, as the MyfA peptide alleles of the non-pathogenic strains are very variable, the MyfA protein encoded might be non-functional.
Yersinia enterocolitica est le 3ème pathogène alimentaire le plus répandu en Europe. Au Luxembourg, un pic du nombre de cas humains a été observé en 2012 ; les raisons de cette hausse restent encore inconnues. Actuellement, il n’existe aucune méthode de typage discriminante de cette espèce qui soit établie au niveau international pour la surveillance et la détection d’épidémies. Dans ces travaux, nous décrivons donc l’utilisation du séquençage du génome entier combiné à schéma core genome MLST (cgMLST) local qui permet l’évaluation de la diversité génomique des souches collectées au Luxembourg sur une durée de 5 ans (de 2012 à 2016). De plus, les souches du biotype 1A, considérées comme nonpathogènes, ont été inclues dans cette étude afin de détecter la présence éventuelle de gènes de virulence chromosomiques. Les résultats suggèrent qu’il y a une plus grande diversité au sein des souches du biotype 1A qu’au sein des souches pathogènes, que certains clusters humains de souches O:3 ont une source commune et qu’il y a eu des micro-épidémies en 2012 et en 2014 au Luxembourg. De plus, étant donné que les allèles peptidiques MyfA des souches non-pathogènes sont très variables, il semblerait que les protéines MyfA codées soient non fonctionnelles.
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Dates and versions

hal-01767545 , version 1 (16-04-2018)

Identifiers

  • HAL Id : hal-01767545 , version 1

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Cite

Morgane Nennig. Évaluation de la méthode de séquençage du génome entier comme outil pour la surveillance des infections a yersinia enterocolitica au Luxembourg. Biotechnologies. 2016. ⟨hal-01767545⟩
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