Ce mémoire retrace l'histoire de la désinfection oculaire depuis sa mise en place jusqu'à nos jours. Il détaille les différents tournants qu'à pu connaitre cette technique en relation avec les découvertes et les progrès de la science. Les divers germes responsables de la conjonctivite du nouveau-né y sont énumérés avec l'évolution de leur prévalence au cours du temps. La mise au point de l'AFFSAPS sur la prophylaxie oculaire néonatale de novembre 2010 est étudiée. Elle constitue un repère pour essayer d'élaborer un protocole. Une étude réalisée dans 20 maternités lorraines a permis de faire le point sur les différents protocoles existants. Elle permet également de retrouver l'avis des sages-femmes interrogées sur différents sujets afférents à la prophylaxie oculaire néonatale. Les résultats ont permis d'élaborer un protocole de suivie des femmes enceintes permettant de détecter les nouveau-nés à risque de développer une conjonctivite néonatale. Ces enfants seront ainsi traiter à la naissance par un collyre antibiotique. Néanmoins pour tous les enfants une surveillance particulière est indispensable durant le premier mois de vie.