Caractérisation du site actif de la relaxase d’ICESt3 de Streptococcus thermophilus - Université de Lorraine Access content directly
Master Thesis Year : 2016

Caractérisation du site actif de la relaxase d’ICESt3 de Streptococcus thermophilus

Abstract

Horizontal transfer of genetic elements play a key role in evolution of bacterial genomes. Among these elements some are transferred by conjugation, especially integrative and conjugative elements (ICEs). The relaxase, which is an essential protein for these conjugative elements, is a single stranded endonuclease that initiate the DNA transfer. My internship objective is the active site characterization of ICESt3 relaxase, an ICE found in Streptococcus thermophilus, member of a large ICE family especially represented among firmicutes. This relaxase belongs to a new relaxase family (MOBT family) which have never been studied biochemically until now. Different residues of this relaxase active site have been mutated, that aresusceptible to be involved in protein activity, or indirectly in metallic cofactor coordination (an allmark for these endonucleases). The development of a relaxase activity test was carried out. Mutated proteins were produced and tested, allowing the identification of the residues involved in relaxase activity and in cation coordination.
Le transfert horizontal d’éléments génétiques joue un rôle clé dans l’évolution des génomes bactériens. Parmi ces éléments, certains sont capables de se transférer par conjugaison, c’est le cas des éléments intégratifs conjugatifs (ICE). La relaxase, qui est une protéine essentielle pour ces éléments conjugatifs, est une endonucléase simple brin qui initie le transfert de l’élément. L’objectif de ce stage est la caractérisation du site actif de la relaxase d’ICESt3, un ICE retrouvé chez Streptococcus thermophilus, et membre d’une famille particulièrement représentée au sein des firmicutes. Cette relaxase présente la particularité d’appartenir à une nouvelle famille de relaxases (famille MOBT) qui n’a à ce jour jamais été étudiée biochimiquement. Le site actif de cette relaxase a été muté au niveau de différents résidus susceptibles d’être impliqués dans l’activité de la protéine, ou indirectement dans la coordination d’un cofacteur métallique souvent utilisé par ce type d’enzyme. Après avoir standardisé un test d’activité de la relaxase, des protéines mutantes ont été produites et testées. Les résultats ont permis de déterminer les acides aminés impliqués dans l’activité de la relaxase ainsi que ceux permettant la coordination du cation.

Domains

Biotechnology
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hal-01824834 , version 1 (27-06-2018)

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  • HAL Id : hal-01824834 , version 1

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Cite

Philippe Monteiro. Caractérisation du site actif de la relaxase d’ICESt3 de Streptococcus thermophilus. Biotechnologies. 2016. ⟨hal-01824834⟩
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