Development of a tool for automatic search of mobile genetic elements ICE in bacterial genomes (ICE-Finder
Développement d'un outil de recherche automatisée des éléments génétiques mobiles de type ICE dans les génomes bactériens (ICE-Finder)
Résumé
ICE ("integrative conjugating elements") and IME ("integrative mobilizable elements") are important elements of horizontal gene transfer. Today, there are methods to detect mobile genetic elements but none is specialized in the research of ICE or IME. This training was conducted in a collaborative project to create a computerized and automated method for the detection of ICE and IME in bacterial genomes. The methodology is based on identifying and positioning in the genomes of three classes of genes encoding proteins which are specific of these elements (coupling protein, relaxase , integrase) and development of a database gathering data on these genes. During the study, a prototype program (ICEFinder) for automatic search of ICE / IME has been developed to perform the following tasks: (1) Detect the genes encoding the proteins of interest in bacterial genomes (2) Locate the genes on the genome (3) Search and locate potential terminals ICE / IME (4) Get the gene content of these mobile genetic elements The execution of this program on the whole genomes of streptococci has been used to characterize and limit 109 ICE / IME in 49 of the 72 genomes studied.
Les ICE (« integrative conjugating elements ») et les IME (« integrative mobilizable elements ») sont des éléments importants du transfert horizontal de gènes. Aujourd'hui, il existe des méthodes pour détecter des éléments génétiques mobiles mais aucune n'est spécialisée dans la recherche d'ICE ou d'IME. Ce stage a été effectué dans le cadre d'un projet collaboratif visant à créer une méthode informatisée et automatisée de détection des ICE et IME dans les génomes bactériens. La méthodologie se base sur l'identification et le positionnement dans les génomes de gènes codant 3 classes de protéines caractéristiques de ces éléments (les protéines de couplage, les relaxases et les intégrases) et sur la création et l'enrichissement d'une base de données rassemblant et connectant les données entre elles. Au cours du stage, un programme prototype (ICEFinder) de recherche automatique d'ICE/IME a été développé afin de réaliser les tâches suivantes : (1) Détecter les gènes codant les protéines d'intérêt dans des génomes bactériens (2) Positionner ces gènes sur les génomes (3) Rechercher et localiser les bornes potentielles des ICE/IME (4) Récupérer le contenu en gènes de ces élements génétiques mobiles L'exécution de ce programme, sur des génomes complets de streptocoques, a permis de caractériser et de borner 109 ICE/IME présents dans 49 des 72 génomes étudiés.
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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