Le Malin génie est absent du Discours de la méthode et des Principes de la philosophie. En différenciant les deux figures du Dieu trompeur et du Malin génie, ainsi que leurs fonctions respectives, on se donne les moyens de discerner la spécificité du cogito de la Seconde Méditation, dont l’un des enjeux majeurs est de renverser littéralement le pyrrhonisme conquis grâce à la fiction du Malin génie par l’affirmation d’une certitude première qui n’est autre que celle de mon existence rétorquée à ce même Malin génie ! Un tel renversement du pyrrhonisme dans le cogito fait de la première vérité, non le cogito qui n’est qu’une certitude première, mais la réfutation du scepticisme académique qui affirme l’incertitude de toutes choses et se rabat sur la probabilité.