En Europe, le danger lié à la présence des norovirus dans les aliments est estimé de manière indirecte, par la recherche d’indicateurs bactériens de contamination fécale comme Escherichia coli. Il est évident que la présence d’E. coli dans les denrées alimentaires est synonyme de danger pour la santé des consommateurs. A l’inverse, son absence n’est pas toujours gage de sureté puisque des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) liées à la consommation d’aliments (e.g. fruits de mer, produits maraîchers) respectant la législation en vigueur sont parfois observées. Ce phénomène s’explique par le fait qu’E. coli soit moins résistant que les virus dans l’environnement et également plus sensible aux traitements visant à éliminer les microorganismes des matrices alimentaires. Afin de pallier les limites des indicateurs bactériens, la détection directe des virus pathogènes dans ce type de matrices est logiquement proposée. Dans ce but, la norme ISO 15216 devrait être mise en place en 2017 afin notamment de standardiser la recherche des norovirus dans les fruits de mer. Ces virus n’étant à l’heure actuelle pas cultivables en routine, la norme ISO 15216 s’appuie sur des techniques moléculaires qui permettent la détection de leur génome. Bien que rapide et spécifique, la détection des génomes de pathogènes demeure cependant complexe lorsqu’il s’agit d’interpréter les résultats en matière de danger pour le consommateur. En effet, la détection de génome ne peut en aucun cas témoigner de l’intégrité du virus correspondant et donc de son caractère infectieux. Ainsi, la recherche des génomes de norovirus dans les coquillages et de manière plus générale dans les matrices alimentaires pourrait conduire à une surestimation du danger. A l’inverse, si l’absence de génome viral est quant à elle obligatoirement synonyme d’absence de particules virales infectieuses, la difficulté repose ici sur le fait que la sensibilité de la technique proposée ne semble pas suffisante pour détecter la quantité minimale de norovirus capable d’infecter l’Homme. Dans ce cas, l’application de la norme ISO 15216 pourrait sous-estimer le danger viral. Face à ces arguments, il semble donc extrêmement délicat dans l’état actuel des connaissances de vouloir relier la détection de génome viral dans les denrées alimentaires à un risque infectieux pour l’Homme.