aIntroduction : La Guyane est un département français d'outre-mer inhospitalier, propice au développement de nombreux pathogènes. L'expression clinique majoritaire de ces infections est un symptôme banal et non spécifique, la fièvre. Chaque année, près de 4000 militaires sont envoyés en mission en Guyane. L'objectif de cette étude était de décrire l'épidémiologie des étiologies de fièvre déclarées à la Surveillance épidémiologique des armées (SEA) en Guyane de 1997 à 2013, et d'en faire une synthèse pratique pour les médecins des armées sous la forme d'un algorithme décisionnel d’aide au diagnostic. Matériels et Méthode : Il s'agissait d'une étude descriptive rétrospective des données de la surveillance épidémiologique des armées issues des centres médicaux des armées de Guyane recueillies par message épidémiologique hebdomadaire dans la population de militaires en activité de janvier 1997 à décembre 2013. Le choix des pathologies relevées s'est porté sur les pathologies infectieuses fébriles soumises à déclaration à la SEA. Résultats : De 1997 à 2013, 2705 causes de fièvre déclarées à la SEA ont été recueillies. Les pathologies à transmission vectorielle étaient prédominantes (84%) avec en premier lieu le paludisme (taux d'incidence moyen de 25,3 cas pour 1000 hommes/an) et les arboviroses (taux d'incidence moyen de 11,0 cas pour 1000 hommes/an). 216 cas de fièvres d'origine indéterminée ont été déclarés de 1997 à 2013. Enfin, les cas observés de fièvre Q, de toxoplasmose amazonienne ou de maladie de Chagas soulignaient les risques d'exposition aux zoonoses. Discussion : Les militaires étaient exposés à un risque infectieux spécifique lors des missions en forêt (paludisme et zoonoses), tandis que ce risque était superposable à celui de la population locale sur le littoral (arboviroses). Les hypothèses diagnostiques devant une fièvre doivent donc prendre en compte, en plus de l'épidémiologie locale, les spécificités liées au type de mission. La réalisation d'un algorithme décisionnel d'aide au diagnostic synthétise cette étude et se veut un outil pratique à destination des médecins généralistes des armées amenés à exercer en Guyane.