Caractérisation génétique des souches Françaises d’Alternaria associées aux défoliations de pommiers par une approche multilocus (MLST) - Université de Lorraine Access content directly
Master Thesis Year : 2017

Caractérisation génétique des souches Françaises d’Alternaria associées aux défoliations de pommiers par une approche multilocus (MLST)

Abstract

For a number of years, severe and significant defoliations have been observed in orchards of different apple varieties in the Auvergne Rhône-Alpes region (France). In 2016, sixteen Alternaria strains were isolated from apple leaf samples with necrotic spots and used for genetic characterization using a multilocus approach using Alta1, EndoPG, TMA22, OPA1-3, OPA2-1, and OPA10- 2, already investigated in the framework of several genetic characterization of Alternaria spp. isolated from apple trees. The multilocus analyzes performed revealed that the French strains belong to two clades of the Alternaria section: A. arborescens and A. alternata. The search of the genes responsible for the production of AMT toxins specific to Alternaria alternata f. sp. mali by PCR revealed that none of the French strains would possess these genes. The disease of spots on the leaves and on the fruit of apple trees would be caused by a set of different species of Alternaria.
Depuis plusieurs années, des défoliations sévères et importantes ont été observées dans les vergers de différentes variétés de pommes dans la région Auvergne-Rhône-Alpes (France). A partir d’échantillons de feuilles de pommiers présentant des taches nécrotiques prélevés en 2016, 16 souches d’Alternaria ont été isolées pour une caractérisation génétique par une approche multilocus en ciblant les loci Alta1, EndoPG, TMA22, OPA1-3, OPA2-1 et OPA10- 2 déjà utilisés dans le cadre de plusieurs études de caractérisation d’Alternaria spp. de pommiers. Les analyses multilocus réalisées ont révélées que ces souches Françaises appartiennent à deux clades de la section Alternaria : A. arborescens et A. alternata. Le ciblage des gènes responsables de la production des toxines AMT spécifiques à Alternaria alternata f. sp. mali par PCR a révélé qu’aucune des souches Françaises ne possèderaient ces gènes. La maladie de taches sur les feuilles et sur les fruits de pommiers serait causée par un complexe d’espèces d’Alternaria.
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Dates and versions

hal-02337716 , version 1 (29-10-2019)

Identifiers

  • HAL Id : hal-02337716 , version 1

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Cite

Dossi Carine Gnide. Caractérisation génétique des souches Françaises d’Alternaria associées aux défoliations de pommiers par une approche multilocus (MLST). Microbiologie et Parasitologie. 2017. ⟨hal-02337716⟩
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