PCR duplex Dermatophytes – T. rubrum sur CFX96® : de la mise au point à l’utilisation en routine
Résumé
Dermatophytes are involved in the majority of fungal infections of the skin, hair and nails. Trichophyton rubrum is the most frequently dermatophyte involved in pathology. Detection and accurate identification of dermatophytes allows the diagnosis to be made and to implement an appropriate treatment. Faster than culture-based identification (the gold standard requiring a considerable expertise), molecular biology techniques are currently preferred. The objective of this internship was to optimize the fungal DNA extraction method (biological samples and cultures) and to develop the detection of dermatophytes and the identification of T. rubrum on CFX96® by a duplex real time PCR. The method comparison showed that this new method is more sensitive than the culture and equally effective than the PCR method previously used by the laboratory.
Les dermatophytes sont responsables de la majorité des mycoses de la peau, du cuir chevelu et des ongles. Trichophyton rubrum est le dermatophyte le plus souvent impliqué en pathologie. Une détection ainsi qu’une identification correcte des dermatophytes permet de poser le diagnostic et de mettre en place le traitement adéquat. Plus rapide que la culture (méthode de référence demandant une expertise considérable), les techniques de biologie moléculaire sont actuellement privilégiées. L'objectif de ce stage a été d'optimiser la méthode d’extraction d’ADN fongique (prélèvements biologiques et cultures) et de mettre au point la détection des dermatophytes et l’identification de T. rubrum sur CFX96® par une PCR duplex en temps réel. La comparaison de méthodes a prouvé que cette nouvelle méthode est plus sensible que la culture et tout aussi efficace que la méthode de PCR utilisée auparavant par le laboratoire.