Le virus de l’hépatite E : approche moléculaire de son pouvoir pathogène et de ses modes de circulation entre l’homme et l’environnement - Université de Lorraine Access content directly
Master Thesis Year : 2018

Le virus de l’hépatite E : approche moléculaire de son pouvoir pathogène et de ses modes de circulation entre l’homme et l’environnement

Abstract

Hepatitis E Virus is the principal agent responsible for acute hepatitis worldwide. In developing countries, contamination is linked to faecal peril. In countries with high health standards, HEV genotypes 3 and 4 are the most frequent genotypes found, and contamination is mainly due to ingestion of undercooked or uncooked meat (zoonosis), but could also be linked to the water environment. In France, and more particularly in Lorraine, seroprevalence against HEV is high (28.4% in 2015). Our work consists in analysing the links between viral quasi-species of HEV, infectious power and circulation of strains between humans and environment. For this, we sequenced an area of interest in the HEV overlapping region ORF2/3 by use of two techniques (Sanger sequencing and ultra-deep sequencing), respectively allowing us to highlight the main variant and quasi-species. A prediction of antigenicity according to Parker's model was also performed, in order to analyse impact of protein mutations. Sanger sequencing quickly revealed possible molecular signatures in wild boar strains. Ultra-deep sequencing analysis has allowed hypotheses to be made about the role of water in the circulation of HEV strains between humans and environment. In addition, significant diversity of the quasi-species in humans could reflect greater selection pressure than that observed in animals.
Le Virus de l’hépatite E est le principal agent responsable d’hépatite aiguë dans le monde. Dans les pays en voie de développement, la contamination est liée au péril fécal. Dans les pays à haut niveau sanitaire, on retrouve principalement le VHE de génotypes 3 et 4, dont la contamination est majoritairement due à l’ingestion de viande peu ou pas cuite (zoonose), mais pourrait aussi être liée à l’environnement hydrique. En France, et plus particulièrement en Lorraine, la séroprévalence vis-à-vis du VHE est importante (28,4% en 2015). Nos travaux consistent à analyser les liens entre la quasi-espèce virale du VHE, le pouvoir infectieux et la circulation des souches entre l’Homme et l’environnement. Pour cela, nous avons séquencé une zone d’intérêt du VHE chevauchant l’ORF2/3 selon deux techniques (séquençage de type Sanger et séquençage haut débit), permettant respectivement de mettre en évidence le variant majoritaire et la quasi-espèce. Une prédiction de l’antigénicité selon le modèle de Parker a aussi été réalisée, dans le but d’analyser l’impact des mutations protéiques. Le séquençage Sanger a permis de mettre rapidement en évidence d’éventuelles signatures moléculaires dans les souches de sangliers sauvages. L’analyse haut-débit a, elle, permis de faire des hypothèses sur le rôle de l’eau dans la circulation des souches de VHE entre l’Homme et l’environnement. De plus, la diversité importante de la quasi-espèce chez l’Homme pourrait être le reflet d’une pression de sélection plus importante que celle observée chez les animaux.
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Dates and versions

hal-03024888 , version 1 (26-11-2020)

Identifiers

  • HAL Id : hal-03024888 , version 1

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Cite

Alexis Gentilhomme. Le virus de l’hépatite E : approche moléculaire de son pouvoir pathogène et de ses modes de circulation entre l’homme et l’environnement. Biotechnologies. 2018. ⟨hal-03024888⟩
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