Utilisation de la fréquence relative des substitutions somatiques d'un résultat de séquençage exomique comme nouvel outil diagnostique des cancers d'origine pulmonaire - Université de Lorraine Access content directly
Master Thesis Year : 2018

Utilisation de la fréquence relative des substitutions somatiques d'un résultat de séquençage exomique comme nouvel outil diagnostique des cancers d'origine pulmonaire

Abstract

INTRODUCTION: Les produits de combustions du tabac laissent une forte empreinte mutationnelle sur les cancers pulmonaires, ils engendrent un grand nombre de substitutions somatiques avec un biais dans le type de substitutions. Le diagnostic de l'origine primitive pulmonaire d'un cancer peut parfois être difficile alors qu'il revêt un intérêt majeur car des thérapies efficaces sont disponibles même au stade métastatique. L'objectif de notre étude était de développer un test moléculaire innovant capable de prédire l'origine pulmonaire d'une tumeur en utilisant uniquement les fréquences relatives des différents types de substitutions somatiques. MATÉRIELS ET MÉTHODES : Pour prédire si une tumeur est d'origine pulmonaire ou non, nous avons développé et validé le test EASILUNG (Exome And SIgnature LUNG) basé sur la fréquence relative des 12 types de substitutions somatiques possibles sur le brin d'ADN codant de tumeurs ayant bénéficié d'un séquençage exomique, en aveugle de tous les autres paramètres. Les données de 7796 échantillons de tumeurs congelés de primitif connu (sans traitement néoadjuvant) issues des 32 groupes de cancers solides du TCGA ont été utilisées pour son développement. La validation externe a été réalisée sur 196 résultats consécutifs de séquençage exomique de routine (cohorte local). RÉSULTATS : Le test EASILUNG a démontré une bonne calibration et un bon pouvoir discriminant avec une sensibilité de 80% et une spécificité de 94,3%. Des résultats similaires ont été obtenus sur lesdonnées de validation externe. CONCLUSION : C'est un test innovant et performant mais surtout un angle d'approche diagnostique inédit que nous proposons, ouvrant sur de nombreuses perspectives de recherches, mais aussi sur une application diagnostique concrète pour les patients atteints de cancer de primitif inconnu et chez qui le diagnostic de cancer pulmonaire et toujours en considération. Des études de validations externes et de validations prospectives multiples sur résultats d'exomes sont souhaitables pour déterminer si ce modèle de prédiction peut être généralisé et des essais cliniques sont nécessaires pour évaluer les bénéfices pour les patients.
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hal-03297517 , version 1 (23-07-2021)

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  • HAL Id : hal-03297517 , version 1

Cite

Stéphane Busca. Utilisation de la fréquence relative des substitutions somatiques d'un résultat de séquençage exomique comme nouvel outil diagnostique des cancers d'origine pulmonaire. Médecine humaine et pathologie. 2018. ⟨hal-03297517⟩
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