Développement de quatre systèmes originaux pour la détection moléculaire des virus des encéphalites équines « exotiques » (encéphalite japonaise, encéphalites équines du Venezuela, de l’Est et de l’Ouest)
Résumé
Arboviruses are mainly tropical diseases caused by a heterogeneous set of arboviruses. Most arbovirus infections are asymptomatic and can circulate "silently", increasing the risk of an epidemic. To prevent such outbreaks, a rapid, cost-effective, simple test that can be deployed directly in the field is of great importance. This study aimed to develop an isothermal reverse transcription loop-mediated amplification (RT-Loop-Mediated Amplification, RT-LAMP) method for the detection of arboviruses responsible for exotic equine encephalitis: Japanese encephalitis virus, Western, Eastern and Venezuelan equine encephalitis viruses. The sensitivity and specificity of the tested LAMP were determined. The slight differences between the sensitivity and specificity of RT-LAMP in comparison with Real-Time RT-PCR demonstrated that RT-LAMP could be used as a reliable and cost-effective method for the diagnosis of arboviruses. In addition, due to its isothermal nature, no expensive equipment is required, thus reducing the cost of each reaction. Therefore, this test is ideal for use in resource-limited settings such as environmental laboratories and clinics in developing countries.
Les arboviroses sont des affections surtout tropicales causé par un ensemble hétérogène d’arbovirus. La plupart des infections par des arbovirus sont asymptomatiques et peuvent circuler « silencieusement », augmentant le risque d’une épidémie. Pour prévenir de telles épidémies, un test rapide, rentable, simple et qui peut être déployé directement sur le terrain est d’une grande importance. Cette étude visait à développer une méthode de transcription inverse suivie d’une amplification isotherme médiée par boucle (RT-Loop-Mediated Amplification, RT-LAMP) pour la détection des arbovirus responsables d’encéphalites équines exotiques : le virus de l’encéphalite japonaise, les virus des encéphalites équines américaines de l’Ouest, de L’Est et du Venezuela. La sensibilité des LAMP testées et la spécificité ont été déterminées. La légère différence entre la sensibilité et la spécificité de la RT-LAMP à celle de la Real-Time RT-PCR a démontré que la RT-LAMP pouvait être utilisée comme une méthode fiable et rentable pour le diagnostic des arbovirus. De plus, du fait de sa nature isotherme, aucun équipement coûteux n’est nécessaire, diminuant ainsi le coût de chaque réaction. Par conséquent, ce test est idéal pour une utilisation dans des contextes à ressources limitées tels que les laboratoires environnementaux et les cliniques dans les pays en développement.