La directive-cadre sur l'eau stipule que les masses d'eau doivent atteindre le "bon état écologique" dans l'UE. Bien que de nombreux indicateurs existent, ils ne sont pas toujours en mesure de révéler les effets subtils d'une faible pression épisodique sur de longues durées d'exposition. Il est donc essentiel de développer des indicateurs d'alerte précoce de la qualité des eaux de surface. A cet effet, l'étude des biofilms phototrophes semble particulièrement pertinente en raison de leur rôle majeur dans les écosystèmes aquatiques. Au sein de ces biofilms, les diatomées occupent une place particulière, puisqu'elles sont déjà intégrées dans la batterie d'outils d'évaluation de la qualité des eaux de surface. Parmi les différents paramètres sur lesquels repose la détermination de la classe de qualité, l'observation de formes tératologiques (déformation des frustules, irrégularité des stries...) est considérée comme révélateur d'un stress [1]. Toutefois, ces déformations sont difficiles à identifier et à dénombrer, et il est également délicat d'en qualifier l'intensité. Il en résulte que cet élément de l'Indice Biologique Diatomées (IBD) est mal renseigné. Il apparait donc nécessaire de développer une méthodologie standardisée pour réaliser les différentes étapes de détection et caractérisation des déformations des diatomées. Dans cette étude, nous présentons les premiers résultats de mise au point d'une telle approche, à partir de bioessais de laboratoire,réalisés sur la diatomée benthique d'eau douce Nitzschia palea. Dans un premier temps, la culture a été exposée à court terme (7 jours) au glyphosate et à son principal produit de dégradation (AMPA) afin de déterminer les concentrations de contaminants inhibant 5, 10 et 50% de leur croissance (valeurs IC5, IC10 et IC50). Ces concentrations et une concentration environnementale ont ensuite été utilisées pour exposer les cultures dans des conditions semi-statiques pendant 28 jours afin d'évaluer le potentiel tératogène du glyphosate et de l'AMPA sur la morphologie des diatomées. Pour chaque échantillon, des images ont été acquises au microscope optique et la morphologie des cellules a été analysée à l'aide de différents descripteurs en lien avec la taille et la forme des cellules. Ces descripteurs ont ensuite été mis en relation avec les déformations observées qui ont été analysées qualitativement (type de déformations) et quantitativement (abondance relative, sévérité). Enfin, cette approche manuelle est comparée à une approche basée sur l'intelligence artificielle en cours de développement permettant de caractériser automatiquement les effets de ces contaminants sur la morphologie des diatomées