Développement et optimisation de méthodes de détection moléculaire pour Phyllosticta citricarpa, pathogène sur Citrus spp. - Université de Lorraine Access content directly
Master Thesis Year : 2022

Développement et optimisation de méthodes de détection moléculaire pour Phyllosticta citricarpa, pathogène sur Citrus spp.

Abstract

The genus Phyllosticta belonging to the kingdom of fungi, includes many species with a broad spectrum of hosts that can be endophytes, saprophytes or plant pathogens. Pathogenic species can harm hosts of significant economic importance. This is the case of Phyllosticta citricarpa, a pathogenic species responsible for the citrus black spot disease (CBS). This fungus is, due to its potential economic impact, classified as a quarantine species in Europe. A recent study described Phyllosticta paracitricarpa, the sister specie of P. citricarpa, also pathogenic on citrus, and morphologically and genetically close to the latter. Current detection techniques do not differentiate between these two species, hence the importance of developing a new method of molecular detection in planta to discriminate P. citricarpa from P. paracitricarpa. This was achieved in this work through the use of molecular biology and bioinformatics techniques to generate specific molecular markers. This resulted in the creation of a conventional PCR and real-time PCR detection test, validated for their specificity and sensitivity, specifically targeting P. citricarpa.
Le genre Phyllosticta appartenant au règne des champignons, regroupe de nombreuses espèces à large spectre d’hôtes pouvant être des endophytes, des saprophytes ou des pathogènes de plantes. Les espèces pathogènes peuvent porter atteinte à des hôtes ayant une importance économique non négligeable. C’est le cas de Phyllosticta citricarpa, espèce pathogène responsable de la maladie des taches noires touchant les agrumes (citrus black spot ou CBS) . Ce champignon en raison de son potentiel impact économique est classé comme organisme de de quarantaine en Europe. Une récente étude a décrit Phyllosticta paracitricarpa, espèce soeur de P. citricarpa, aussi pathogène sur citrus, et proche morphologiquement et génétiquement de cette dernière. Les techniques de détection actuelles ne permettent pas de différencier ces deux espèces d’où l’importance de développer une nouvelle méthode de détection moléculaire in planta permettant de discriminer P. citricarpa de P. paracitricarpa ainsi que d’autres espèces de Phyllosticta pathogènes sur Citrus. Ceci a été réalisé dans ce travail grâce à l’utilisation de techniques de biologie moléculaire et de bio-informatique permettant de générer des marqueurs moléculaires spécifiques. Cela a abouti à la création d’un test in planta de détection en PCR conventionnelle et en PCR en temps réel, validés pour leur spécificité et leur sensibilité, fiable ciblant spécifiquement P. citricarpa.
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Dates and versions

hal-04586680 , version 1 (24-05-2024)

Identifiers

  • HAL Id : hal-04586680 , version 1

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Cite

Aida Ndiaye. Développement et optimisation de méthodes de détection moléculaire pour Phyllosticta citricarpa, pathogène sur Citrus spp.. Microbiologie et Parasitologie. 2022. ⟨hal-04586680⟩
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