Étude de la diversité des communautés microbiennes impliquées dans le cycle du fer au niveau de sites hydrothermaux inactifs et faiblement actifs - Université de Lorraine Access content directly
Master Thesis Year : 2023

Étude de la diversité des communautés microbiennes impliquées dans le cycle du fer au niveau de sites hydrothermaux inactifs et faiblement actifs

Abstract

This internship aimed to characterize the microbial taxonomic diversity associated with 4 deep marine hydrothermal fields with thermal gradient (inactive vs weakly active sites). To achieve this objective, metabarcoding analyses targeting the 16S rDNA of bacteria were performed. Overall, we have highlighted structures of different bacterial communities according to the fields and therefore the thermal gradient. Concerning the iron cycle, the class of Zetaproteobacteria is found only associated with fields with low hydrothermal activity demonstrating that biotic oxidation of iron seems able. For iron reduction, the class of Deferribacteres, associated with this metabolism, is found only at the Shinkai fossil field. To target all prokaryotes present and potentially having iron-related metabolism, metabarcoding analyses targeting the archaea 16S rDNA will be performed. The results show that hydrothermal activity has an influence on the communities involved in this biogeochemical cycle. In addition, enrichment cultures were conducted to isolate new ferro-oxidant taxa. Following numerous transplants and dilutions at extinction, the genera Vibrio and Arcobacter were isolated. To date, these genera are not described as capable of oxidizing iron. Analyses are thus to be planned in order to highlight a metabolism related to the oxidation of iron.
Ce stage visait à caractériser la diversité taxonomique microbienne associée à 4 sites hydrothermaux marins profonds présentant un gradient thermique (sites inactifs à faiblement actifs). Pour atteindre cet objectif, des analyses par métabarcoding ciblant l’ADNr 16S des bactéries ont été réalisées. Globalement, nous avons mis en évidence des structurations des communautés bactériennes différentes en fonction des sites et donc du gradient thermique. Concernant le cycle du fer, la classe des Zetaproteobacteria est retrouvée uniquement associée aux sites présentant une faible activité hydrothermale démontrant que l’oxydation biotique du fer semble possible. Pour la réduction du fer, la classe des Deferribacteres, associée à ce métabolisme, est retrouvée seulement au niveau du site fossile Shinkai. Afin de cibler tous les procaryotes présents et ayant potentiellement un métabolisme lié au fer, des analyses par métabarcoding ciblant l’ADNr 16S des archées seront réalisées. Les résultats montrent ainsi que l’activité hydrothermale a une influence sur les communautés impliquées dans ce cycle biogéochimique. De plus, des cultures d’enrichissement ont été réalisées dans le but d’isoler de nouveaux taxons ferro-oxydants. A la suite de nombreux repiquages et de dilutions à l’extinction, les genres Vibrio et Arcobacter ont été isolés. À ce jour, ce sont des genres non décrits comme capables d’oxyder le fer. Des analyses sont ainsi à prévoir afin de mettre en évidence un métabolisme en lien avec l’oxydation du fer.
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Dates and versions

hal-04593305 , version 1 (29-05-2024)

Identifiers

  • HAL Id : hal-04593305 , version 1

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Cite

Ludivine Michaudet. Étude de la diversité des communautés microbiennes impliquées dans le cycle du fer au niveau de sites hydrothermaux inactifs et faiblement actifs. Microbiologie et Parasitologie. 2023. ⟨hal-04593305⟩
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