Etude structurale d'une Aldéhyde Déshydrogénase NADP dépendante de Streptococcus mutans - Université de Lorraine Access content directly
Theses Year : 2000

Etude structurale d'une Aldéhyde Déshydrogénase NADP dépendante de Streptococcus mutans

Abstract

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L'aldh de streptococcus mutans, enzyme tetramerique de 200 kda, peut être décrite comme un dimère de dimère. Le monomère se divise en trois domaines : le domaine de fixation du cofacteur, le domaine catalytique et un domaine d'oligomerisation. L'apoenzyme est en interaction avec plusieurs ions sulfate mimant les groupements phosphate du nadp et du d-g3p. L'étude structurale de l'holoenzyme a permis de mettre en évidence le nouveau mode de fixation du nadp au domaine de rossmann et les facteurs moléculaires majeurs responsables de la spécificité de cofacteur. La comparaison structurale de l'Apo et de l'holoenzyme montre deux changements locaux de conformation dus à la fixation du nadp. L'un de ceux-ci est la rotation de la chaine latérale de c284. Cette rotation positionne son groupement sulphydrile à proximité des dipôles de la chaine principale et l'oriente vers le site catalytique. Ce changement serait à l'origine de la baisse de son pka et de son changement d'accessibilité nécessaires à l'acylation. L'étude d'une seconde structure d'apoenzyme a révélé la présence d'un second ion sulfate dans le site catalytique en interaction avec l'asparagine conservée asn154 et avec le groupement nH de cys284. Cette interaction est également observée avec la fonction aldéhydique du substrat dans la structure du complexe c284s-nadp-g3p suggérant la présence d'un site oxyanion stabilisant différents intermédiaires réactionnels. La comparaison des différentes structures d'aldh a permis de mettre en évidence la flexibilité du nad(p) en plus de celle de glu250. Les différentes positions et conformations observées pour le cofacteur chez les aldh résultent probablement de son mode particulier de fixation au domaine de rossmann qui serait du à la longueur de la première boucle du domaine de rossmann des aldh, dont l'orientation serait contrainte par la présence d'une proline conservée. La flexibilité du cofacteur et du glutamate suggèrent leurs mouvements au cours de l'acte catalytique.
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Cite

David Cobessi. Etude structurale d'une Aldéhyde Déshydrogénase NADP dépendante de Streptococcus mutans. Biologie structurale [q-bio.BM]. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2000. Français. ⟨NNT : 2000NAN10035⟩. ⟨tel-01747582⟩
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