Dans le cadre de l'étude des mécanismes de reconnaissance intervenant entre une plante et un champignon au cours de la formation d'une ectomycorhize, un marqueur biochimique des réactions de reconnaissance a été recherché. Ces investigations ont conduit à l'identification du composé indolique majeur du champignon ectomycorhizien pisolithus tinctorius, l'hypaphorine. L'hypaphorine (la bétaïne du tryptophane), n'avait été détectée que chez des plantes supérieures et pourrait être un compose caractéristique de p. tinctorius. Au cours de la formation de l'ectomycorhize d'eucalyptus globulus/p. tinctorius, la concentration en hypaphorine des hyphes est maintenue à un niveau élevé, proche de celui des apex fongiques, alors que celle-ci chute très rapidement dans le mycélium saprophytique. Cette forte accumulation d'hypaphorine n'est pas induite en présence de plantes non-hôte. Une forte teneur en hypaphorine des hyphes est une conséquence, et donc un marqueur biochimique, de la reconnaissance entre les partenaires de la symbiose. L'hypaphorine étant excrétée, son activité, en relation avec quelques étapes du développement de la symbiose, a donc été étudiée. Chez les racines, l'hypaphorine est absorbée puis métabolisée principalement en tryptophane et en un compose aromatique de nature inconnue. L'hypaphorine présente de plus une activité de type auxinique, elle régule l'expression du gène egpar de e. globulus, un gène surexprimé au cours de la formation des ectomycorhizes. Par ailleurs, le développement des poils absorbants est fortement inhibe en présence d'hypaphorine, cette dernière pourrait donc contribuer à leur absence à la surface d'une racine colonisée. Chez les champignons ectomycorhiziens, l'hypaphorine présente une activité de type auxinique. Les flux plasmalémiques de protons et de potassium sont stimulés. Au sein d'une mycorhize, à l'interface entre cellule fongique et cellule racinaire, l'hypaphorine pourrait contribuer au contrôle des flux ioniques.