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Theses

Contribution à l’étude de l’évolution des génomes de champignons ectomycorhiziens du genre Tuber (Pézizomycètes) par génomique comparative

Résumé : Les truffes sont des champignons ectomycorhiziens du genre Tuber, au sein des Pézizomycètes, vivant en symbiose avec de nombreux arbres et arbustes. Parmi les Pézizomycètes se retrouvent des espèces saprotrophes, pathogènes et symbiotiques ainsi que des champignons très connus comme les truffes et les morilles. Malgré leur intérêt, la structure et l'évolution des génomes des champignons de la classe des Pézizomycètes est encore mal connue. Les objectifs de ma thèse étaient de caractériser la structure et l'évolution des génomes de Truffes et d'autres Pézizomycètes. Une analyse de génomique comparative entre huit génomes de Pézizomycètes, dont trois de truffes, a montré que l'expansion de la taille des génomes des truffes, due principalement aux rétrotransposons gypsy, a probablement eu lieu chez l'ancêtre commun des Tuberaceae il y a environ 150 millions d'années. Ensuite, une réduction de leur contenu en gènes, et principalement en enzymes dégradant la paroi végétale, a eu lieu chez l'ancêtre des Tuber il y a environ 100 millions d'années. Des convergences et des divergences évolutives ont été mise en évidence entre les champignons ectomycorhiziens basidiomycètes et les truffes. Une analyse de génomique comparative au sein de l'espèce T. melanosporum a quant à elle permis de caractériser une ressource de plus de 400000 polymorphismes et de mettre en évidence des traces de sélection. Enfin une analyse plus détaillée des rétrotransposons gypsy présents dans le génome de T. melanosporum a montré que leur colonisation du génome est ancienne. Certains éléments semblent toutefois avoir transposé récemment suggérant que les rétrotransposons gypsy peuvent continuer de jouer un rôle dans l'évolution du génome de T. melanosporum
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Contributor : Thèses Ul <>
Submitted on : Thursday, March 29, 2018 - 1:22:21 PM
Last modification on : Saturday, June 20, 2020 - 3:11:38 AM

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DDOC_T_2015_0046_PAYEN.pdf
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Thibaut Payen. Contribution à l’étude de l’évolution des génomes de champignons ectomycorhiziens du genre Tuber (Pézizomycètes) par génomique comparative. Sylviculture, foresterie. Université de Lorraine, 2015. Français. ⟨NNT : 2015LORR0046⟩. ⟨tel-01751590⟩

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