Mise au point de potentiels intermoléculaires thermodynamiques pour la simulation du repliement des biopolymères - Université de Lorraine Access content directly
Theses Year : 1994

Development of thermodynamic intermolecular potentials for the simulation of protein folding

Mise au point de potentiels intermoléculaires thermodynamiques pour la simulation du repliement des biopolymères

Christophe Chipot

Abstract

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L'étude globale du processus de repliement d'une protéine, depuis sa structure primaire, en prenant en compte un nombre suffisant de molécules de solvant pour décrire l'environnement du polypeptide de façon acceptable, reste encore une tache inextricable. Une simplification du problème, reposant sur l'établissement de potentiels intermoléculaires thermodynamiques, dans lesquels le solvant est pris en compte sans toutefois intervenir explicitement, est proposée dans ce mémoire. Celui-ci se scinde en deux parties distinctes: la première est consacrée à la mise au point des distributions de charges portées par les chaines latérales modélisées d'acides aminés naturels. L'approche adoptée consiste à ajuster les charges ponctuelles sur le potentiel électrostatique issu de calculs ab initio pousses. Plusieurs modèles, de degrés de complexité différents, ont été testés ; la seconde traite de l'évaluation de potentiels de force moyenne entre ces différentes chaines latérales, en faisant appel aux méthodes de perturbation thermodynamique et d'intégration thermodynamique, appliquées aux simulations de la dynamique moléculaire en solution. En préambule à cette étude, un certain nombre d'aspects méthodologiques ont été analysés au travers de calculs d'énergie libre d'hydratation sur des solutés représentatifs
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tel-01754121 , version 1 (30-03-2018)

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  • HAL Id : tel-01754121 , version 1

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Cite

Christophe Chipot. Mise au point de potentiels intermoléculaires thermodynamiques pour la simulation du repliement des biopolymères. Autre. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 1994. Français. ⟨NNT : 1994NAN10185⟩. ⟨tel-01754121⟩
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