Burkholderia vietnamiensis sp. nov., a nitrogen fixing proteobacteria of rice rhizosphere isolated from a acid sulfate soil : ethe taxonomy and effect of inoculation on the growth and yield of rice
Burkholderia vietnamiensis sp. nov., une prote bactérie fixatrice d'azote de la rhizosphère du riz isolée d'un sol sulfate acide : taxonomie et effets de l'inoculation sur la croissance et le rendement du riz
Abstract
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Douze souches, parmi les plus abondantes dans la population des bactéries fixatrices d'azote, ont été isolées à l'aide du modèle spermosphère, de la rhizosphère du riz cultive sur un sol sulfate acide vietnamien. Les critères phénotypiques montrent que les souches appartiennent au genre burkholderia. L'absence de fixateurs d'azote dans ce genre a conduit à l'utilisation d'une approche polyphasique intégrant les hybridations ADN:ARNR, ADN:ADN, / et l'analyse auxanographique. Cette approche a permis de distinguer ces souches des espèces b. cepacia et b. gladioli et a conduit à la création d'une nouvelle espèce nommée b. vietnamiensis. La production, par les souches de b. vietnamiensis et de b. cepacia, de sid »rophores d'un type nouveau, nommes ornibactines, et l'inhibition de la croissance de champignons phytopathogénes par ces souches ont été mises en évidences au laboratoire. La souche b. vietnamiensis tvv75 a une activité fixatrice d'azote supérieure à celle des autres souches en présence de la plante. L'effet de promotion de croissance des plantes par b. vietnamiensis est très fort, en particulier pour la souche tvv75 sur le sol alune acide. Dans un autre sol de type alluvial, les souches d'azospirillum autochtones ont un effet de promotion de croissance sur le riz supérieur aux b. vietnamiensis. La souche tvv75 a été sélectionnée pour réaliser des essais d'inoculation du riz à grande échelle au Viêt-Nam sur trois sites alunes acides. L'inoculation a produit des augmentations significatives du rendement, entre 13 et 22%. Les mécanismes mis en jeu pouvant expliquer ces effets sont, la capacité de cette souche à fixer l'azote atmosphérique, à produire un puissant siderophore, et enfin, a inhiber certains champignons pathogènes. La constitution de mutants isogéniques permettra de vérifier ces hypothèses de façon claire