Design and development of systems to help the understanding of biological and molecular data, application to the G protein coupled receptors
Conception et développement de systèmes d'aide à la compréhension de données biologiques et moléculaires; application à la modélisation des récepteurs couplés aux protéines G
Abstract
This manuscript describes , (i) the work carried on in the context of the Viseur project, a set of tool and bioinformatic ressources dedicated to helping G Protein Coupled Receptors modeling (GPCRs); (ii) an illustration of the reuse of computational chemistry legacy software for building a conformational
search program with the adaptative simulated annealing optirnization algorithm (use of object-oriented technics, generic programming, and mixed-language programming) ; (iii) An in-depth reflexion about the
design and realization of tools dedicated to assist the biologist, biochemist, and modeling chemist during his research work that is built upon the real examples given in (i) and (ii) , and the acknowledgment of recent technological advances (internet and Intranet networks , software component technology, CORBA,
etc). Point (iii) is concluded by the description of the architecture of a software prototype, realized according to this reflexion.
Ce manuscrit présente, (I) le travail réalisé dans le cadre du projet viseur, un ensemble d'outils et de ressources bioinformatiques dédié à l'aide à la préparation de la modélisation des récepteurs couplés aux protéines g (GPCRS) ; (II) un exemple de réutilisation des logiciels du patrimoine de la chimie informatique pour la réalisation d'un programme de recherche conformationnelle par algorithme de recuit simulé adaptatif (utilisation de techniques de programmation orientée-objet, de programmation générique et de programmation multi-langage) ; (III) une réflexion de fond, illustrée par les exemples (I) et (II), sur la conception et la réalisation d'outils pour l'aide à l'analyse de données biologiques adaptés aux besoins des utilisateurs biologistes, biochimistes et chimistes, et aux évolutions technologiques récentes (développement des réseaux internet et intranets, technologie des composants logiciels, corba, etc.). Le point (III) est appuyé par la réalisation d'un prototype logiciel dont l'architecture est décrite.
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