Les travaux de recherche proposés dans cette thèse portent essentiellement sur les problèmes d'ordonnancement rencontrés dans les systèmes de production automatisés et tiennent compte de nouvelles contraintes, notamment la prise en compte des moyens de transport, des stocks tampons de capacité limitée, de la flexibilité de ressources, etc. Trois objectifs principaux sont fixés, à savoir la proposition de nouveaux modèles d'ordonnancement, l'étude de la complexité de ces problèmes et enfin le développement d'approches intégrées pour l'ordonnancement et le contrôle des systèmes étudiés. Plus précisément, nous développons des modèles d'ordonnancement permettant d'incorporer les différentes caractéristiques des systèmes de production automatisés. De nouveaux résultats de complexité sont représentés et des algorithmes polynomiaux sont proposés pour des cas de nos modèles.