Study of the circulation of hepatitis E virus between humans and the environment bymolecular characterization of human and environmental strains
Étude de la circulation du virus de l’hépatite E entre l’Homme et l’environnement par caractérisation moléculaire de souches humaines et environnementales
Résumé
Hepatitis E virus (HEV) causes hepatitis in humans. Although HEV infection is mainly self-limiting, chronic forms have been described in immunocompromised patients. Four major genotypes have been described. Genotypes 1 and 2 circulate in developing countries where they only infect humans with a waterborne transmission. Genotypes 3 and 4 mainly circulate in developed countries where they infect humans and some animals (pigs, wild boars, deer), and are transmitted to humans through consumption of an infected animal’s raw or undercooked meat. However, HEV transmission paths are still unclear in developed countries and a waterborne transmission is suspected. The aim of this work was to clarify HEV circulation in North-Eastern France (as a model of a developed country). We have studied human, wild boar, farm pig samples, effluent water from a pig slaughterhouse, incoming water of a wastewater treatment plant (WWTP) and little pure water mussels that can concentrate viruses possibly present in rivers. Genotype 3 HEV has been recovered from human, wild boars, slaughterhouse and WWTP samples. Several amino acid substitutions have been brought out. Some are possible signatures of a sample’s origin. Some lead to modifications in predicted antigenicity and hydrophobicity, which can have consequences on the virus’ behaviour and circulation. Finally, the WWTP samples showed a mixture of variants from different origins, in favour of a role of water in HEV circulation. Functional tests need to be performed to measure the impact of the observed substitutions.
Le virus de l’hépatite E (VHE) est responsable d’hépatites chez l’Homme. Bien que l’infection par le VHE soit le plus souvent aiguë, des formes chroniques ont été décrites chez des sujets immunodéprimés. Quatre génotypes majeurs sont décrits. Les génotypes 1 et 2 circulent dans les pays en voie de développement où ils n’infectent que l’Homme avec une transmission hydrique. Les génotypes 3 et 4 circulent plutôt dans les pays développés, où ils peuvent infecter l’Homme mais aussi des animaux (cochons, sangliers et cerfs), se transmettent à l’Homme par l’ingestion de viande crue ou mal cuite d’un animal infecté. Cependant les voies de transmission du VHE dans les pays développés ne sont pas encore claires et une voie de contamination hydrique est suspectée. L’objectif de ce travail était de clarifier la circulation du VHE dans le nord-est de la France (exemple de pays développé). Nous avons étudié des prélèvements humains, de sangliers, de cochons de ferme, ainsi que des effluents d’un abattoir porcin, des eaux d’entrée d’une station d’épuration (STEP) et des moules d’eau douce utilisées pour concentrer des virus éventuellement présents dans des rivières. Le VHE de génotype 3 a été retrouvé dans des prélèvements humains, de sangliers, d’effluents d’abattoir et de STEP. Plusieurs substitutions d’acide aminé ont été mises en évidence. Certaines sont de possibles signatures d’origine du prélèvement. Quelques-unes entraînent des modifications d’antigénicité et d’hydrophobie prédites, pouvant avoir des conséquences sur le comportement du virus et sa circulation. Enfin, les prélèvements de STEP comportaient un mélange de variants d’origines diverses, en faveur d’un rôle de l’eau dans la circulation du VHE. Des tests fonctionnels doivent être effectués afin de mesurer l’impact des substitutions observées.
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